本院经审理认定事实如下：原告夹江县水库工程管理站系事业单位法人，依法办理了登记手续。2014年2月25日，原告夹江县水库工程管理站（甲方）与被告王昌友（乙方）签订《夹江县水库工程管理站齐红水库水面养殖承包合同》，约定由“甲方将齐红水库水面承包给乙方进行健康、生态水产品养殖。齐红水库在2011年的枢纽工程整治中，水库由于超死水位放水，对水库大水面养殖造成一定影响，本着‘以人为本，和谐发展’精神，经双方共同协商，协议如下：……二、合同承包期限三年，自2014年1月1日至2017年1月1日止；承包费每年为（人民币）27700元（大写：贰万柒仟柒佰元），2014年承包费于2014年4月30日之前一次性交清。后2年承包费于头一年的11月底一次性交清，到时未交清承包费甲方有权终止合同。合同期满甲方收回水库水面，库内的水产品归甲方所有。三、乙方在从事水产养殖过程中，应按照国家安全生产有关法律法规进行，确保实现安全生产。发生安全事故，由乙方承担全部责任并自行负责解决，与甲方无关。四、乙方在维护渔业秩序中，若发生渔业纠纷和打架事件，需要协助处理时，甲方可协助处理，但涉及的费用由乙方支付。……七、因自然灾害、不可抗力及其他因素（只要不是甲方过错）造成乙方养殖损失的，乙方自行负责。……”；双方还对其他的权利义务进行了约定。之后，原告将水库交由被告承包使用。2011年6月，齐红水库放水对库区进行了工程整治。2017年1月1日承包合同期满，原告未按约定返还水库。2017年1月19日被告诉至本院，本院于2017年4月14日作出（2017）川1126民初105号民事判决书，判决:一、被告王昌友于本判决生效后15日内对齐红水库进行清库，并将齐红水库返还原告夹江县水库工程管理站；二、被告王昌友于本判决生效后15日内赔偿原告夹江县水库工程管理站损失1366元。原告不服上诉，2017年7月24日乐山市中级人民法院作出（2017）川11民终1193号民事判决书，判决：驳回上诉，维持原判。2017年8月16日，被告对上述判决向本院申请强制执行，2017年11月9日，原被告双方在执行笔录中达成和解协议，约定被执行人王昌友从2017年11月12日开始清库，清库时间为两个月。清库完毕后，王昌友立即将齐红水库返还给夹江县水库工程管理站（也即2018年1月12日之前，王昌友将齐红水库返还给夹江县水库工程管理站）。2017年11月10日本院作出（2017）川1126执421号执行裁定书，裁定：终结本次执行程序。2018年1月11日，王昌友将齐红水库返还给了被告。现原告诉至本院，提出前述请求。
庭审中，一、原告提交了《齐红水库渔业承包合同》、《夹江县齐红水库渔池经营承包合同》，以证明其在2011年存在转包水库经营渔业养殖的事实。二、开庭前，原告向本院提交了申请证人周某、刘某、原三洞派出所警号为103904号民警出庭作证，庭审中证人刘某到庭，因证人刘某本案证明的事实与（2017）川11民终1193号民事判决书证言事实一致，且与其提供的视频资料反映事实也一致，原告放弃刘某当庭作证。另外两个证人周某与警号为103904号民警未到庭。三、庭审中原告提供了多张照片，并播放了原告提供的2个视频，反映2011年放水存在鱼打捞死亡的事实和2017年6月存在当地老百姓强行钓鱼情况原告找齐红水库负责人和当地民警制止的谈话事实。四、原告提供了打鱼师傅赖某签名的原告自己打印的2017年12月9日损失10300元和原告自己书写的2017年9月19日损失8500元，被告对原告以该证据形式证明其损失，不予认可。原告对其主张的36.8万的损失未再提交其他证据。
上述事实，有当事人陈述、公民身份证、事业单位法人证书、《夹江县水库工程管理站齐红水库水面养殖承包合同》、（2017）川1126民初105号民事判决书、（2017）川11民终1193号民事判决书、照片及视听资料、强制执行申请书、执行笔录、（2017）川1126执421号执行裁定书、情况说明等证据证实。
本院认为，本案争议焦点为：
一、关于原告认为因齐红水库在2011年工程整治放水给原告造成41.2万损失，是否已过诉讼时效
本案中，2011年6月因齐红水库放水对库区进行了工程整治，被告提出库区放水对其造成了损失，根据《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到侵害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。……”原告在2011年6月因齐红水库工程整治放水，认为对其造成损失，应当在放水造成损失的当年起向被告主张其损失，双方经过《夹江县水库工程管理站齐红水库水面养殖承包合同》约定的3年的承包期间以及在2017年（2017）川1126民初105号一审和（2017）川11民终1193号民事诉讼过程，长达7年之久的时间，均未对该损失提起过诉讼，且原告也未提交证据证明本案诉讼时效存在中止、中断的情形的证据，对被告辩称原告的该项主张已过诉讼时效本院予以采纳，且从本案原被告双方签订《夹江县水库工程管理站齐红水库水面养殖承包合同》的目的来看，被告也通过续签合同以增加其收益已经对原告进行了一定的补偿。故对原告认为因齐红水库在2011年工程整治放水给原告造成41.2万的损失主张，本院不予支持。
二、对原告认为被告在2017年6月、9月9日、12月9日因被告未尽协助义务导致的损失36.8万元的主张，是否应当得到支持
首先，原、被告双方签订的《夹江县水库工程管理站齐红水库水面养殖承包合同》系当事人真实意思表示，且不违反法律行政法规的效力性强制性规定，合法有效，依法应予保护。从双方承包合同第四条“乙方在维护渔业秩序中，若发生渔业纠纷和打架事件，需要协助处理时，甲方可协助处理，但涉及的费用由乙方支付。”和第七条“因自然灾害、不可抗力及其他因素（只要不是甲方过错）造成乙方养殖损失的，乙方自行负责。”的合同约定来看，若发生渔业纠纷和打架事件被告可以协助处理，但双方并未约定未协助处理的后果由被告承担，且在该合同第七条还约定了若因非被告过错的原因导致的损失由原告自行承担，本案中原告主张在2017年6月、9月9日、12月9日因当地老百姓偷鱼抢鱼、阻拦捕鱼等行为对其造成损失，但致损原因并非被告所为，也不是被告行为导致，原告根据合同约定要求被告承担损失，与本案双方合同约定不符，本院不予采纳。其次，原告虽提供了打鱼师傅赖某签名的原告自己打印的2017年12月9日损失10300元和原告自己书写的2017年9月19日损失8500元的证据，从证据形成来看，该证据为原告单方行为，且无其他证据佐证，不能确认其损失大小，且被告不予认可，故对原告主张的包含上述两笔损失在内的36.8万元的损失，原告未提供其他证据证实，对原告该损失的主张，本院不予采纳。第三，从合同承包期间来看，双方约定为2014年1月1日至2017年1月1日期间，故在2017年1月1日合同届满之后原、被告双方承包合同权利义务关系终止，而原告要求被告承担在2017年6月、9月9日、12月9日的发生的损失，均不在双方合同承包期间，该损失是因当地老百姓行为导致，也不是因被告的原因造成，原告对该期间的损失要求被告赔偿的主张，本院不予支持。因此，对原告认为被告在2017年6月、9月9日、12月9日因被告未尽协助义务导致的损失36.8万元的主张，无事实依据，本院不予支持。
据此，依照《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条，《中华人民共和国合同法》第三条、第五条、第四十六条，以及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条之规定，判决如下：