经审理查明，2013年2月4日，武汉市人民政府办公厅以武政办〔2013〕19号文件向各区人民政府、市政府各部门转发了武汉市农业局拟订的《武汉市7万亩设施蔬菜基地建设总体实施方案》(以下简称实施方案)，明确：武汉市至2013年底在全市6个新城区建设1000亩以上集中连片设施蔬菜基地7万亩，形成10万亩设施蔬菜示范园。其中，武汉市新洲区确保在涨渡湖、汪集、邾城、三店等街（镇、场）建设设施蔬菜大棚1.3万亩，争取达到1.35万亩。武汉市政府为建立健全项目建设组织保障体制，成立由分管副市长、市直相关部门、各区人民政府分管负责人为成员的市7万亩设施蔬菜基地建设领导小组，负责研究制定相关政策，加强督察、督办；要求各区也成立相应机构，负责相应工作；同时，将7万亩设施蔬菜基地建设纳入市、区两级绩效目标管理体系。该实施方案还明确：建立健全项目建设金融扶持机制，完善设施蔬菜基础建设“以奖代补”扶持政策，拟由市级财政对设施蔬菜基地的基础设施、钢架大棚（连栋温棚）、配套喷滴灌设施、蔬菜综合业务体及其他公益性建设给予支持。随后，武汉市农业局、武汉市财政局就支持武汉市7万亩设施蔬菜基地建设的有关补贴政策以联合发文形式提出了具体意见，明确了扶持对象、补贴标准、补贴程序等，其中新建钢架大棚（连栋大棚、温室）及配套微灌系统的农业设施补贴标准为每亩综合补贴1万元，在项目单位按下达的投资计划开工时预拨30%的补贴资金，竣工验收后再拨付剩下的70%。同年4月11日，新洲区人民政府办公室根据上述实施方案印发了《新洲区设施蔬菜基地建设实施方案》，明确新洲区2013年新增设施蔬菜基地1.43万亩，设施建设包括钢架大棚、温棚及配套喷滴灌等（其中新建钢架大棚1.35万亩），项目总投资3.01亿元，其中钢架大棚（含喷滴灌设备）2.43亿元，项目资金主要由市、区财政补贴资金和业主自筹组成等。为此，新洲区成立了以原新洲区区长余世平为组长、副区长吕秀平、副区级干部、区政府党组成员钟爵一为副组长、区政府各职能部门负责人为成员的新洲区设施蔬菜基地建设领导小组，负责统筹安排、督察、督办全区设施蔬菜基地建设工作。领导小组下设办公室，吕某兼任办公室主任，张某1（原区农业局局长）任办公室常务副主任，金志伟（区人民政府办公室副主任）、程某1（区农机服务中心主任）、邱某（区农经局局长）、万某1（区财政局副局长）任副主任，从区农业、财政、农经、农机等部门抽调人员组成工作专班，负责全区设施蔬菜建设督导、指导、协调、信息收集及宣传等工作（规定在区农业局办公，但被抽调人员并未集中办公，仍在各自原单位上班）。被告人朱桃元（时任区农业技术推广中心主任）及其分管的种植科工作人员李某3、李某1被抽调至工作专班，负责基地设施的推进、日常资料、验收资料的收集、汇总、审核等工作。2013年7月29日，武汉市7万亩设施蔬菜基地建设领导小组办公室印发《关于进一步加快推进7万亩设施蔬菜基地建设的补充意见》，明确：一是将连栋大棚纳入设施建设的范围；二是按照不超过总投资额的30%给予补贴的同时，按照每亩1万元的标准给予叠加补贴，并批复同意武汉广地农业科技有限公司（以下简称广地公司）的实施方案和投资概算。补充意见同时规定，项目业主在承诺保证设施大棚建设质量标准的前提下，可以自行招标或按建设标准自行建设。
广地公司申报参与武汉市7万亩设施蔬菜基地建设项目，编制了相关投资概算，建设地点位于新洲区涨渡湖农场一分场、二分场，建设连栋薄膜温室项目（以下简称广地项目），基地面积为2571亩（其中设施面积为1800亩），总投资概算为34222.14万元，其中市财政计划补贴资金10670万元、区级补贴及自筹23552.14万元。武汉市农业局、财政局组织华中农业大学蔬菜学系主任别之龙、水利部、中国科学院水工程生态研究所科研计划处处长、研究员刘某、市农机化所副所长、高级工程师万某2、市水利规划设计研究院副院长李某4等专家对广地项目进行了评审，综合评审意见为该项目符合武汉市7万亩设施蔬菜基地建设总体实施方案及市领导有关讲话精神，方案设计基本合理可行，项目投资概算基本合理，项目建成后对提高蔬菜生产水平、保障城市蔬菜供应等具有积极作用，建议予以立项。广地公司获准建设连栋薄膜温室蔬菜大棚面积1800亩，市财政计划补贴资金10640万元，该项目于2013年11月12日开工建设，至2014年10月26日竣工。
2013年10月25日，新洲设施蔬菜基建办印发新设办[2013]2号《新洲区设施蔬菜基地项目资金管理实施细则》，其中第九条规定，财政补助资金采取“以奖代补”方式，实行国库集中支付制管理，直接对项目业主单位结算；第十条规定，根据项目实施进度，项目业主单位可提出项目进度资金申请，经项目施工单位、监理单位确认工程完工量，报项目所在地（乡镇）政府、区农业局、区农机服务中心、区财政局审核，区领导指示意见后，拨付资金。设施蔬菜基地项目建设补助资金的结算，以市级下达的结算文件为依据；第十一条规定，项目实施完工，由项目业主单位完善相关验收资料，提出验收申请，区农业局、区农机服务中心、区财政局组织区级验收，区级验收严格执行武某3文[2013]13号文件要求，验收合格联合行文报请市级验收。验收资料包括项目验收申请、工作总结、实施方案、项目批复文件、项目施工（供货）合同、合法有效票据、项目监理资料、审计报告等相关资料。
同年11月21日，经报请市政府刘立勇副市长签批后，武汉市农业局、财政局联合下达武汉市7万亩设施蔬菜基地第七批建设项目财政补贴计划，明确农业设施补贴按项目单位下达的投资计划，在开工时预拨30%的补贴资金，竣工验收后再拨付剩下的70%补贴资金，要求本次批复的项目（含广地公司项目）在2013年12月底前保质保量完成。其中，广地公司连栋大棚项目市财政计划补贴资金10670万元。2013年11月25日，武汉市财政局根据武汉市相关文件要求，向新洲区财政局预拨了30%的财政补贴资金，新洲区财政局根据武汉市财政局的文件要求，于12月16日向广地公司预拨30%计划补贴资金3192万元。为了加快推进全市7万亩设施蔬菜基地建设，武汉市财政局于12月2日印发武财农[2013]872号文件，向新洲区财政局拨付第二批进度资金4000万元，要求新洲区财政局切实加强资金管理，配合农业部门按市政府确定的工作目标，督促项目单位抓紧实施，并根据建设进度拨付进度资金，确保专款专用。2014年1月20日，经验收组成员徐某1（区农机服务中心副主任，另案处理）、黄某1、林某、朱桃元、江某等人签名后，程某1（新洲区农机服务中心主任）于同月21日签“验收数据属实，请领导审示”，张某1（新洲区农业局局长）于同月22日签“同意农机意见，请吕区长审定”，吕某（新洲区副区长）于同月22日签“请财政局核实拨付，业主实际建设市级资金的70%”，同月23日，新洲区财政局向广地公司拨款3100万元。2014年6月16日至18日，广地公司提出拨付财政补助资金1142万元的申请，“施工单位”、“监理单位”在申请表中签字，程某1签“原计划面积基本完成，其中有300亩连栋大棚需完善，拟同意按规定拨款”，张某1签“同意农机意见，请吕区长审示”，吕某签“同意”后，财政局分管副局长万某1、局长张某2咏分别在财政局关于拨付支农专项资金的请求上签字，新洲区财政局向广地公司拨款1142万元（该笔拨付未见市财政局文件）。至此，广地项目在尚未竣工和未进行区级验收的情况下，广地公司已实际获得政府财政补贴资金7434万元。
2013年12月5日，武汉市农业局、财政局印发武某3计[2013]80号《关于做好7万亩设施蔬菜基地建设项目验收有关工作的通知》，并附《7万亩设施蔬菜基地建设项目验收试行办法》，明确武汉市7万亩设施蔬菜基地建设项目的验收工作在市农业局、市财政局的统一部署下，各区负责全面验收、市级负责抽查复核，即以区级验收为主，市级复核验收为辅，并要求区级验收要认真审查项目建设单位的总结报告、项目监理资料，对基地建设面积和钢架大棚建设面积进行实地测量，对喷滴灌和综合体等建设内容进行认真核实，全面检查实施方案规定的各项建设内容。市级验收将以各区验收的报告为依据，由市农业局、市财政局委托第三方机构组织验收。其中验收程序第十条规定：区级验收合格后，区7万亩设施蔬菜基地建设领导小组向市7万亩设施蔬菜基地建设领导小组提交项目验收申请报告。验收申请报告应依据验收条件对项目实施情况进行总结，并附区级验收结论意见。区级验收条件之一为项目的技术档案和施工管理资料齐全、完整并分类立卷，包括：1.项目投资计划文件、2.项目实施方案、3.项目招投标文件、4.合同管理文件、5.项目施工文件、6.项目监理文件、7.基建财务档案、8.项目财务审计报告、9.项目材质检测报告、10.项目竣工资料、11.业主初验收意见、12.项目竣工后的资产管理协议、13.区级验收意见等。武汉市7万亩设施蔬菜基地建设领导小组办公室于2014年5月10日下发通知补充规定：7月底前不能提交市级验收申请的区，不得申请市级2014年蔬菜基地升级提档升级项目、连栋温棚等设施补贴项目。
2014年6月23日，新洲区设施蔬菜基地建设领导小组办公室制定下发《新洲区设施蔬菜基地建设项目验收办法》，对验收工作的依据、条件、内容、程序等作了明确的规定。同日，新洲区设施蔬菜基地建设领导小组办公室印发《关于成立新洲区设施蔬菜基地建设项目验收组的通知》，成立由区农业局、区农机中心、区纪委、区发改委、区审计局、区财政局、区国土规划局组成的新洲区设施蔬菜基地建设项目验收组，组长为张某1，副组长为程某1、万某1、朱桃元、徐某1，成员为张某3（区纪委常委）、揭元清（区发改委副主任）、郭某（区审计局副局长）等人。验收组下设四个验收小组，负责对新洲区的所有设施蔬菜基地建设项目进行全面验收，其中朱桃元兼任第二验收小组负责人。按照《新洲区设施蔬菜基地建设项目验收办法》，验收的条件是项目要完成实施方案和投资计划文件规定的建设内容并提交下列13项文件资料：1.项目投资计划文件；2.项目实施方案；3.项目招投标文件（业主自建的要有质量保障承诺书）；4.合同管理文件；5.项目施工文件；6.项目监理文件；7.基建财务档案；8.项目财务审计报告；9.项目材质检测报告；10.项目竣工资料（含钢架大棚竣工布局图）；11.业主初验收意见；12.项目竣工后的资产管理协议；13.项目施工日志。验收的程序是：项目竣工后施工单位要按照国家规定，整理好文件、技术资料，向项目业主提交竣工报告；项目业主接到竣工报告后，应及时组织项目初验收，初验收合格并具备验收条件后，项目业主再向区设施蔬菜领导小组提出验收申请报告，组织开展区级验收。验收的办法是：进行面积验收和质量验收。面积验收采取实地测量法，即实测大棚面积然后汇总得出总面积；质量验收采取查看资料和日常检查相结合的方法，通过查看资料，看施工单位是否具备资质，施工日记是否完备，查看有关账目看材料有无合格证、进货渠道是否正规，结合监理单位意见、初验收报告、日常检查结果进行综合评价。同时，其他事项还规定：项目建设业主、建设方应配合参与并监督整个验收过程，验收结果原则上不进行复核变更，最终以市级验收结论为准。
根据武汉市相关要求，新洲区设施蔬菜基地建设领导小组于2014年6月底启动了区级验收，广地公司的项目由徐某1负责的第一小组进行验收。同年7月21日，武汉市农业局下发武农文〔2014〕35号《武汉市7万亩设施大棚市级验收实施细则》文件，进一步明确了武汉市7万亩设施蔬菜大棚验收以区级验收为主，市级验收是在区级全面验收合格的基础上，对设施大棚建设面积、管材材质、安装质量、微灌工程等进行抽查复核；市级验收要对其所查验范围内的设施大棚项目质量负责等。此后，新洲区7万亩设施蔬菜基地建设领导小组组织各小组对全区设施蔬菜基地建设项目进行验收（尚在建设之中），徐某1负责的第一小组对广地公司的连栋薄膜温室大棚项目进行了验收。验收时，广地公司未向验收组提交上述13项文件资料，徐某1所带领的第一小组仅对广地项目的545栋大棚面积进行了实地测量和汇总，并于2014年7月28日填写了区级验收意见书，内容为：连栋钢架大棚建设任务1800亩，完成情况连栋钢架大棚545栋，面积1685.48亩，其中12栋未完工，面积47.7亩；此项目继续在建。在该验收意见书之后，附有3张《2013年-2014年设施农业面积区级验收核查汇总表》以及32张《2013年-2014年设施农业面积区级验收核查明细表》。3张《汇总表》是对32张《明细表》的汇总统计，其填报时间分别是：第一张为2014年7月23日，涉及广地项目的内容为“广地明细表（1-31号）连栋，大棚数量533个，1685.48亩，12个棚47.7亩未完工”；第二张为2014年9月12日，涉及广地项目的内容为“广地连栋，533栋，1685.5亩，后续新建11.6亩，合计1697.1亩”；第三张为2014年9月15日，涉及广地项目的内容为“广地连栋，545栋，1685.5亩，后续新建23.5亩，合计1709亩”。2014年9月15日，在广地项目未将报请验收所需的竣工资料、工程造价报告、竣工财务审计报告等资料收集齐全的情况下，朱桃元安排农业局种植科工作人员、验收组成员李某1汇总各小组验收结果，起草了《关于申请新洲区设施蔬菜基地建设项目验收的请示》（以下简称请示报告），朱桃元审核了该请示报告并报领导签发后，由区农业局与区财政局联合以新农字[2014]61号文件向武汉市报请市级验收，文件中明确广地公司连栋大棚面积为1709亩。朱桃元在审核上述请示报告时，未审核出“目前各项验收材料均已准备齐全”的内容与事实不符。2014年9月12日，经区财政局分管副局长万某1、局长张某2咏、分管副区长吕某签字，区财政局向广地公司拨付设施蔬菜专项资金200万元。2014年11月7日，武汉市财政局下发武财农[2014]798号《市财政局关于下达“7万亩”设施蔬菜基地建设转移支付指标的通知》，明确下达新洲区7万亩设施蔬菜基地建设资助资金，要求区财政局收到资金后，要尽快将资金拨付到已完成区级验收工作的项目单位，并切实加强资金拨付的审核和监督管理工作，确保补助资金用于项目建设。同月23日至25日，经广地公司提出拨付财政补助资金1456万元的申请，“施工单位”、“监理单位”在申请表中签字，程某1签“同意按核查确定面积，依相关规定拨款”，张某1签“同意农机意见”，程某1签“同意按核查确实，依相关规定拨款”，万某1签“农业科按相关程序审核后报吕区长审核支付”，吕某签“请按农业农机核定面积拨至90%”后，区财政局向广地公司拨款1456万元。至此，广地项目实际获得补贴款9090万元，占补贴计划的90%。
按武汉市验收实施细则规定，广地项目属市级验收必检项目。2014年10月，湖北省农机鉴定站作为第三方验收单位对广地项目进行了质量检测验收，结论为：达标部分：1.温室跨度、开间、脊高、坡度符合连栋温室建造规范要求；2.拱杆、纵拉杆尺寸均达标；3.钢管锌层全部合格；4.下弦高度、拱杆间距基本达标；5.立柱垂直度、横梁直线度、垂直吊杆位置误差度基本合格。未达标部分：1.主立柱、边某1外形尺寸合格，材料壁厚未达到规范要求；2.天沟厚度未达到规范要求；3.天沟锌层未达到规范要求。2014年12月16日，湖北中图勘测规划设计有限公司受武汉市农业局委托，对广地项目建设面积竣工测量验收，勘测总面积约为1676.71亩（新洲区验收面积为1709亩，误差32.29亩）。
2014年9月，广地公司根据武汉市7万亩设施蔬菜基地项目获得财政补贴资金必须提交相关建设项目竣工财务审计报告和造价评估报告的要求，委托武汉兴业工程咨询有限公司（以下简称兴业工程咨询公司）、武汉兴业会计师事务有限责任公司（以下简称兴业会计师公司）分别对广地项目进行工程造价评估、财务竣工决算审计。广地公司负责人李某2（另案处理）等人为了虚列工程成本、虚增工程造价以骗取国家财政补贴资金，提供了金额共计10345万元的28张虚假银行电子回单和金额为64194301元的假发票。兴业工程咨询公司的李某6（已判刑）在负责广地项目造价评估过程中，违规依据倒推法，于2014年12月5日作出了该建设工程项目审定金额为292077750.98元的工程造价报告。兴业会计师公司的彭杰（已判刑）在对广地项目进行竣工财务决算审计过程中，参考了李某6的工程造价报告结论，同时未严格按照国家有关法律法规和行业规定的要求，工作疏忽，导致上述虚假的银行电子回单和假发票未被审核出而列入了成本，于2014年12月19日作出了广地项目建筑工程投资292077750.98元的竣工财务审计报告。广地项目通过市级验收后，2015年2月6日，武汉市农业委员会、武汉市财政局根据实施方案等文件精神，并以工程造价报告和竣工财务审计报告所审定的工程总造价292077750.98元为基数，乘以30%，再以市级验收确定的1676.71亩每亩叠加补贴1万元，以武某3计〔2015〕22号文件发出了武汉市7万亩设施蔬菜基地建设项目市级验收结果及财政补贴资金的安排通知，计算出广地项目应获政府补贴资金10439.03万元。武汉市农业委员会于2015年3月3日下达《关于市7万亩设施蔬菜基地建设项目新洲区设施大棚市级验收结果及整改意见的通知》，再次确认：广地公司连栋温室验收面积为1676.71亩；连栋温室材质主立柱、边某1、拱杆、纵拉杆、天沟壁厚、尺寸、镀锌层厚度等指标基本达标；部分主立柱、边某1管壁厚度不达标，部分天沟壁厚不达标，部分天沟镀锌层不达标；连栋温室安装质量基本符合标准，整体安装质量达标；同时提出整改意见，要求对材质不合格的进行全面整改、更换，于2015年6月30前完成；整改期间，建议区财政预留10%财政补贴资金，作为整改保证金，逾期不达标的项目，直接扣减整改保证金。
武汉市审计局在对全市7万亩设施蔬菜基地建设项目开展绩效审计中发现广地项目存在严重虚报工程造价，涉嫌骗取财政补贴的问题，于2015年6月11日向武汉市人民检察院移送相关线索。案发后，经武汉市人民检察院司法会计鉴定，兴业会计师公司审定广地项目温室大棚成本为29207.78万元，现有财会资料反映温室大棚成本15698.54万元，兴业会计公司的竣工财务审计报告多列成本13509.24万元。广地公司按政策规定只能获取国家财政补贴资金6386.27万元，却实际获取了国家财政补贴资金9090万元，给国家造成2703.73万元的经济损失。同年7月13日，武汉市人民检察院以武检侦指函[2015]133号交办函将案件线索交由新洲区人民检察院查办。2016年3月，新洲区人民检察院在对广地公司涉嫌诈骗进行初查时，依法找朱桃元作为证人核查相关情况，朱桃元积极配合，向办案人员陈述了相应的案件事实。同年8月29日，武汉市人民检察院以武检侦指举交[2016]163号交办函，将朱桃元涉嫌玩忽职守线索交由新洲区人民检察院查办。此前，新洲区人民检察院就其他案件多次找朱桃元了解情况，朱桃元均予以配合，供述了自己的基本犯罪事实。同年9月12日，新洲区人民检察院反渎职侵权局到朱桃元单位通知朱桃元接受询问，朱桃元积极配合调查，并随侦查人员一同到新洲区人民检察院办案区接受询问，并如实供述了自己的事实，次日被刑事拘留。
另查明，朱桃元系新洲区农业局原党组成员、新洲区农业技术推广中心原主任（副处级公务员）。2015年，原新洲区农业局、畜牧局、水产局等单位合并为新洲区农业委员会后，朱桃元任新洲区农业委员会农业技术推广服务中心副主任。
上述事实，被告人在开庭审理过程中亦无异议，且有证人徐某1、王某1、付文华、梅某、黄某2、李某1、李某2、王伍常、彭某、胡某、李某5、李某6、万某1、闵钱、张某1、黄某1、李某3、余某2、程书和、郭某、林某、揭元清、吕某、程某1、李某7、边某2、宋某、邹某、齐某、罗某、苏某、蔡某、郑某、蔡金华、王某2等人的证言，竣工测量验收报告，工程建设质量验收检测报告，司法会计鉴定书，线索移送函，立案决定书，武某2办[2013]19号文件，武某3计[2013]1号、78号、80号、[2015]22号文件，专家评审会议方案及评审意见表，武财农[2013]840号文件，武蔬设施[2013]5号文件，武汉市农业局、财政局联合请示及送审稿，武某3文[2013]78号、[2014]35号文件，新农字[2014]61号文件，市级验收抽签结果表，武兴建字[2014]第068号工程造价报告，武兴会专字[2014]第2183号财务决算审计报告，新政办[2013]8号文件，新设办[2013]02号、[2014]1号、2号文件，新政任[2011]5号文件，新农发[2012]1号文件，武汉市农业局相关文件及公文处理单，新洲区新编[2015]9号文件，区级验收意见书及面积明细、汇总表，相关会议会务方案、记录及签到表，个人会议记录本复印件，财政拨款说明及相关凭证，广地公司建设项目验收资料汇编，省农业机械鉴定站出具的回复报告，办案说明，被告人户籍信息、干部履历表，侦查机关出具的补充证据说明，到案经过，刑事判决书等证据证实，足以认定。