经审理查明，被告人张某甲在担任聊城经济技术开发区某局中心主任、被告人李某甲在聊城经济技术开发区某乙办公室任科员负责农业工作，被告人李某甲在担任聊城经济技术开发区某局某科负责人期间，在办理2013年度辖区“山东省省级财政支持农民专业合作组织发展资金”项目的审核推荐过程中，不认真履行职责，未按照《山东省财政支持农民专业合作组织发展资金管理办法》、山东省财政厅《关于组织申报2013年财政支持农民专业合作组织项目的通知》中申报条件规定，对项目单位提供的《项目申报材料》中的社员名单、盈余分配表、财务报表等材料的真伪未进行严格审核，予以初审通过并推荐上报，致使不符合申报条件的聊城经济技术开发区某丙渔业专业合作社、聊城经济技术开发区某丁水产养殖专业合作社、聊城经济技术开发区某戊瓜蔬种植专业合作社套取省级财政支持农民专业合作组织发展资金50万元。2017年8月，上述三家合作社将套取的省级财政支持农民专业合作组织发展资金50万元全部退回财政部门。
被告人张某甲于2017年4月28日主动到聊城市东昌府区人民检察院投案，如实供述了犯罪事实。
上述事实，三被告人在开庭审理过程中亦无异议，且有书证山东省财政厅《关于印发的通知》，聊城市某局《关于组织申报2013年财政支持农民专业合作组织项目的通知》，《关于下达2013年财政支持农民专业合作组织发展资金预算指标的通知》聊城经济技术开发区某局《关于申报2013年财政支持农民专业合作组织项目资金的申请》、聊城经济技术开发区农业项目验收报告表、《关于2013年财政支持农民专业合作组织发展资金收回的通知》及其说明、《关于明确工作职责和人员分工调整的通知》，聊城经济技术开发区某局、某乙办公室出具的三被告人个人简历、任职证明，华夏银行、建设银行汇总凭证、网上银行电子回单，聊城经济技术开发区某丙渔业专业合作社、某丁水产养殖专业合作社、某戊瓜蔬种植专业合作社农业财政资金项目申报材料、领款书，农业银行转账支票存根，聊城市东昌府区人民检察院反渎职侵权局出具的归案说明，三被告人的户籍证明；证人李某乙、侯某、武某1、武某2、崔某、张某1、张某2的证言等证据证实，足以认定。
被告人李某甲的辩护人认为，财政支持农民专业合作社组织项目，属于财政部门的工作，只是出于单位之间相互支持的需要，农办才应邀做了点非独立性的辅助性工作。被告人作为农业办公室的一般工作人员，在开发区财局或农办领导的指示下参与了对入选合作社的实地考察、在申报材料上盖章、参加财局组织的项目验收，全部工作按领导指示进行，没有任何擅自作主的个人行为。对项目如何审查没有具体规定，审查人员可以自由裁量，自由裁量行为不属于玩忽职守；同时，财局、农办审查项目的权利能力有限，没有司法机关的侦查权、限制人身自由权等权利，对项目申报人没有震慑力，不敢保证项目的绝对真实，对他们不能要求太高。下拨的项目资金50万元虽然给了不符合条件的合作社，但这些合作社都有实质性条件，不应认定为公共财产损失，且该损失属于多因一果，与被告人的行为没有刑法上的必然的因果关系。综上，被告人不构成玩忽职守罪。即使认定被告人有罪，被告人接到检察机关通知后，主动到案，如实陈述事实经过，系自首；被告人在本案中处于帮助或协助地位，所起作用非常小，被告人积极认罪，经济损失已经挽回，且平时一贯表现良好，建议对其免予刑事处罚。
被告人李某甲的辩护人认为，被告人被立案的时间为2017年5月12日，作为证人接受询问的时间为5月10日，作为嫌疑人接受讯问的时间为7月5日，而其7月3日曾给办案人员打电话要求到案说明情况，办案人员让等电话，被告人的行为符合投案自首的条件；被告人积极认罪，所造成损失已全部追回，且其系初犯、偶犯，建议对其免予刑事处罚。