一审法院认为：原告周红灯作为涉案ＺＬ20102030××××.9“棉花收获机”实用新型专利的专利权人，有权与他人签订专利实施许可合同，许可他人实施其专利并取得相应的报酬。原告周红灯与被告益阳富佳公司签订的《专利实施许可合同》及《2013年度棉花收获机专利许可结算方式》是双方当事人的真实意思表示，该合同合法有效，双方当事人应按《专利实施许可合同》及《2013年度棉花收获机专利许可结算方式》的约定全面适当履行。一审法院认为，本案的争议焦点主要在于：
一、原告周红灯请求被告益阳富佳公司支付专利实施许可费的主张能否成立。
原告周红灯认为，被告益阳富佳公司应按照《专利实施许可合同》的约定，支付相应的专利实施许可费，虽然被告不愿提供实际销售的金额，但农机购置补贴办公室出具的《2013年益阳富佳科技有限公司棉花收获机在我省补贴情况》、《2014年益阳富佳科技有限公司棉花收获机在我省补贴情况》记载了被告2013年、2014年销售合同产品的价格，故被告应支付相应的专利实施许可费。
被告益阳富佳公司认为，农机购置补贴办公室出具的《2013年益阳富佳科技有限公司棉花收获机在我省补贴情况》、《2014年益阳富佳科技有限公司棉花收获机在我省补贴情况》中记载的销售价格与实际销售价格不符，被告益阳富佳公司实际销售价格仅为90元每台，或80元每台。
本案中，原告周红灯与被告益阳富佳公司在《专利实施许可合同》中约定，自合同生效至2013年12月31日，被告已享受国家农机具购置补贴的销售收入，原告按销售收入的6%提成，对被告没有享受国家农机具购置补贴的销售收入，原告按销售收入的5%提成；自2014年1月1日至2014年12月31日，对被告已享受国家农机具购置补贴的销售收入，原告按销售收入的5%提成，对被告没有享受国家农机具购置补贴的销售收入，原告按销售收入的4%提成。又根据农机购置补贴办公室出具的《2013年益阳富佳科技有限公司棉花收获机在我省补贴情况》、《2014年益阳富佳科技有限公司棉花收获机在我省补贴情况》的记载，2013年富佳公司在湖南省内享受国家农机具购置补贴的销售收入为5541376元，2014年富佳公司在湖南省内享受国家农机具购置补贴的销售收入为4004660元。根据《中华人民共和国合同法》第一百零九条之规定，当事人一方未支付价款或者报酬的，对方可以要求其支付价款或者报酬。一审法院认为，根据上述《专利实施许可合同》约定的计算方式，2013年对于益阳富佳公司已享受补贴的部分，原告周红灯应得的提成为5541376元×6%=332482.56元，2014年对于益阳富佳公司已享受补贴的部分，周红灯应得的提成为4004660元×5%=200233元。另外，根据原被告双方签订的《2013年度棉花收获机专利许可结算方式》约定，2013年度益阳富佳公司没有享受补贴的销售收入按销售量3194台乘以销售价格348元/台计算，因此2013年对于益阳富佳公司没有享受补贴的部分，周红灯应得的提成为3194×348×5%=55575.6元。被告辩称其销售的涉案棉花收获机价格仅为每台95元或80元，因此实际销售金额与原告主张不符，并提供了多份经销合同及对账单予以证明，同时原被告双方并未就专利实施许可使用费进行结算。一审法院认为，原被告双方签订的《2013年度棉花收获机专利许可结算方式》中明确了棉花收获机销售价格为348元/台，且根据农机购置补贴办公室出具的2013年度、2014年度益阳富佳公司棉花收获机补贴情况的记载，2013年度、2014年度益阳富佳公司向各地区销售涉案产品的价格均与被告主张的销售价格明显不符，同时被告亦未提交存在退换货而与实际销售数量不相符的证据，故一审法院对于被告的该项抗辩理由不予支持。
二、原告周红灯要求被告益阳富佳公司支付9万元违约金的主张能否成立。
原告周红灯认为，根据双方签订的《专利实施许可合同》的约定，被告益阳富佳公司未如期支付入门费，应支付1万元的违约金，同时被告益阳富佳公司未支付2013年度、2014年度的专利实施许可使用费，按照逾期8个月计算，应支付8万元的违约金。
被告益阳富佳公司认为，入门费已经支付，专利使用费亦支付了150050元，故不应承担违约责任。
根据《中华人民共和国合同法》第一百一十四条之规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。经查，双方在《专利实施许可合同》第八条中约定，被告益阳富佳公司拒付入门费的，许可方有权解除合同，要求返回全部技术资料，并要求赔偿其实际损失，并支付违约金壹万元；被告益阳富佳公司延期支付提成费的，每逾期壹个月要支付给许可方违约金壹万元。双方在《2013年度棉花收获机专利许可结算方式》中约定，“专利许可入门费最后一批款人民币贰万元，由甲方（即被告益阳富佳公司）于2014年3月10日前付给乙方（即原告周红灯）”。
一审法院认为，关于逾期支付入门费的违约问题，本案中原告周红灯认可被告益阳富佳公司已经支付了5万元的入门费，但支付时间超过约定的时间，一审法院认为，鉴于双方均认可入门费已经支付完毕，原告应对被告逾期支付举证证明，但原告未提交相应的证据，故一审法院对原告的该项主张不予支持。
关于延期支付提成费的违约问题，经查，《专利实施许可合同》第五条第七款规定了提成费的支付时间，即“国家农机局购置补贴资金到位后十天之内支付2012年度合同产品销售收入提成总金额的80%，最迟不超过2013年3月20日至31日。2013年、2014年、2015年度的付款时间比照上述规定执行”；同时，在双方签订的《2013年度棉花收获机专利许可结算方式》中，特别约定了2013年度提成的结算时间为2014年12月30日前。一审法院认为，被告提交的付款票据无原件核对，一审法院无法核实其真实性，亦无法确认与原告主张的2013年度、2014年度专利实施许可使用费的关联性，现有证据无法证明被告已经向原告支付2013年度、2014年度专利实施许可费，即本案中被告至今未向原告支付2013年度、2014年度专利实施许可费；根据双方的约定：“被许可方延期支付提成费的，每逾期壹个月要支付给许可方违约金壹万元；逾期超过叁个月，许可方有权终止合同，要求支付所欠费用并支付违约金叁万元。”故在被告逾期支付提成费的三个月内，每个月支付违约金1万元，超过3个月的，则应支付违约金3万元，由于被告至今未支付2013年度、2014年度专利实施许可费，因此被告应向原告支付3万元的违约金，对于原告主张支付违约金超过3万元的部分，一审法院不予支持。
三、反诉原告益阳富佳公司的主张能否成立。
反诉原告益阳富佳公司认为，周红灯违反合同约定，自行生产涉案的棉花收获机，给益阳富佳公司的生产经营造成巨大影响，应当赔偿经济损失并承担违约责任。
一审法院认为，本案中益阳富佳公司提交的证据并不能证明周红灯自行生产涉案的棉花收获机，且对于损失亦未提交证据予以证明，故一审法院对于反诉原告益阳富佳公司的主张不予支持。
综上所述，判决：一、被告益阳富佳科技有限公司应于本判决生效之日起十日内支付原告周红灯专利许可使用费588291.16元；二、被告益阳富佳科技有限公司应于本判决生效之日起十日内支付原告周红灯违约金30000元；三、驳回原告周红灯的其他诉讼请求；四、驳回反诉原告益阳富佳科技有限公司的全部诉讼请求。如果未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本案本诉案件受理费人民币10582元，由被告益阳富佳科技有限公司负担；反诉案件受理费4208元，由反诉原告益阳富佳科技有限公司负担。
二审期间，在本院指定的举证期限之内，被上诉人周红灯向本院提交了两份证据，证据一是《2015年度湖南专利奖评审结果公示》，拟证明涉案专利技术获得了广泛认可，经济利益大；证据二是涉案专利产品在淘宝网上的销售情况，拟证明上诉人仍在生产销售涉案专利产品，销售价格为每台700多元，经销商的销售价格为每台1000多元。以上证据经二审庭审质证，上诉人益阳富佳公司认为证据一与本案无关联，对证据二的真实性、合法性、关联性均有异议，达不到其证明目的。本院认为，以上两份证据均系周红灯自行从网上下载的打印件，其真实性均无法得到印证，本院依法均不予采信。
二审庭审期间，经本院询问，各方当事人对一审法院查明事实没有提出异议。但上诉人认为一审未予采信其提交的《授权经销合同书》、《产品销售单》等证据，导致未查明其产品的实际销售收入。对此，本院经审查，一审中，益阳富佳公司为证明其对销售价格的主张，针对其2013、2014年度在案的每笔交易提交了以下证据：与省内各经销商之间的《授权经销合同》、省级农机购置补贴信息管理系统的相关数据、《产品销售单》以及部分经销商提供的销售数据统计资料。经审查，双方当事人在《专利实施许可合同》中约定了“登录湖南省农机信息化网站查阅合同产品销售数量”的数据核实方式，结合省级农机购置补贴信息管理系统数据证据来源于官方网站之事实，该证据在本案中具有较强的证明力；且以上证据之间销售数据和价格能互相印证，其销售数据与湖南省农机购置补贴办公室出具的两份证据中“机具台数”总计的数据也基本一致，能形成证据锁链，应予采信。
根据原卷材料、各方当事人对本案事实的承认及二审庭审情况，一审法院认定本案事实清楚，本院依法予以确认。