本院经审理认为：永辉公司提交的货物清单与其提交的销售合同一致，予以认定，证明书系由其单方出具，不予认定。
根据双方当事人的陈述以及本院确认的有效证据，本院认定下列事实：“鸿源02”轮系宁波鸿勋公司所有、上海勋源公司光租经营。上海勋源公司与洋浦中良公司签订期租合同，将该轮期租给洋浦中良公司运输货物，后双方于2015年3月25日签订补充协议，同意在2017年6月1日合同履行完毕后，再续签三年。
2016年11月19日，永辉公司与案外人陈锦江签订销售合同，向其出售一批机械配件，总价为407435元，永辉公司负责联络物流运输并承担全部运输费用，买方收货后付清货款。2016年12月9日，永辉公司委托天津宏利伟业国际货运代理有限公司（以下简称宏利公司）将该批机械配件从京唐港运往虎门港，运费为5473元，宏利公司交洋浦中良公司运输，由“鸿源02”轮1626S航次承运，运单号为HG1626SJTJX009，集装箱号为CXDU1794966。
2016年12月15日，“鸿源02”轮在执行京唐-虎门HG1626S航次航行途中，于23时左右触碰舟山嵊山岛以南约5海里的东半洋礁，船体破损进水遇险。经救助，涉案集装箱被打捞上岸堆放在堆场。2017年7月4日，上海海神保险公估有限公司对涉案货物进行了开箱检验，发现集装箱箱体存在局部轻微损坏，箱内进水，经检测为海水，箱内机械配件货物部分发生锈蚀，因未对货物掏箱进行分拣，损失无法认定。
2017年1月20日，宁波鸿勋公司、上海勋源公司和洋浦中良公司就“鸿源02”轮本次事故申请设立总额为2023539特别提款权及其利息的海事赔偿责任限制基金。2017年2月8日，本院在《人民日报》上发出公告，通知债权人就可以限制赔偿责任的海事请求，在60日内向本院申请债权登记。2017年5月12日，本院作出（2017）浙72民特110号民事裁定，准许上述设立海事赔偿责任基金申请。2017年4月10日，永辉公司就“鸿源02”轮触礁事故造成其货物损失407435元向本院申请债权登记，本院于2017年7月18日作出（2017）浙72民特517号民事裁定，准许永辉公司的债权登记申请，债权登记申请费1000元由永辉公司先行负担，但可以在提起确权诉讼时列入诉讼请求。期间，中国船东互保协会于2017年6月1日向本院提供担保函，为“鸿源02”轮2016年12月15日在舟山嵊泗水域触礁事故所造成的非人身伤亡损失设立海事赔偿责任限制基金数额2023539特别提款权及其利息（自2016年12月15日起至基金设立之日和基金设立期间按中国人民银行确定的金融机构同期一年期贷款基准利率计算）提供担保。
本院认为：永辉公司将货物经宏利公司转交洋浦中良公司期租经营的“鸿源02”轮运输，双方之间构成水路货物运输合同关系，并应确认有效，永辉公司为实际托运人，洋浦中良公司系承运人。货物在运输过程中，因承运船舶发生触礁事故而毁损，依合同法第二百九十条和第三百一十一条的规定，洋浦中良公司作为承运人，应当对永辉公司承担损害赔偿责任。“鸿源02”轮由上海勋源公司期租给洋浦中良公司使用，双方之间构成定期租船合同关系，上海勋源公司系货物实际承运人。涉案货损系上海勋源公司期租经营的承运船舶“鸿源02”轮在航行途中发生触礁事故所致，上海勋源公司作为实际承运人对货损负有赔偿责任。宁波鸿勋公司系“鸿源02”轮的船舶所有人，将船舶光租给上海勋源公司，既非货物承运人或实际承运人，也与货损无关，对货损本身依法不承担赔偿责任。
涉案集装箱在事故中落海进水，箱内货物品质受到影响，价值降低，后续处理费用较高，有鉴于此，永辉公司已出具弃货声明表示放弃货物，故涉案货物可作全损处理。根据永辉公司提供的购销合同及收款收据，货物损失金额可确定为407435元。永辉公司既已出具弃货声明，则不存在后续提货事宜，故永辉公司要求三被告支付因提货而产生的施救费用及堆存费用的诉请不成立。永辉公司主张运费损失，但并未举证证明已实际支付了该费用，故对该项诉请不予支持。
“鸿源02”轮已经为本次事故依法在本院设立基金，永辉公司要求确认其对上海勋源公司、洋浦中良公司享有货物损失407435元海事债权的诉讼请求有理，本院予以支持。该项赔偿请求依海商法第二百零七条的规定，系限制性海事赔偿请求，应予确认，并在“鸿源02”轮就2016年12月15日在舟山嵊泗水域触礁事故所设立的非人身伤亡海事赔偿责任限制基金中受偿。永辉公司为申请债权登记所支付的申请费1000元，由上海勋源公司和洋浦中良公司负担。依照《中华人民共和国合同法》第六十条第一款、第二百九十条、第三百一十一条、第三百一十二条，《中华人民共和国海商法》第二百零四条、第二百零七条第一款第一项和《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》第一百一十六条规定，判决如下：