本院经审理认为：原告提交的证据1集装箱货物运单、证据2产品购销合同、证据3粮食购销凭证，能够相互印证，本院予以认定。
原告提交的证据6环保局督办通知及满洋公司处理说明，两者相互印证，三被告未提出实质性异议，本院予以认定。
原告提交的证据4公估报告系原件，所载内容与上述证据1、证据2、证据3、证据6相互印证，三被告既没有提供证据加以否定，也没有提出合理的异议理由，本院也予以认定。
而被告鸿勋公司、勋源公司提交的证据三公估报告，系货物处理后形成，没有结论性意见，故本院不予认定。
根据双方当事人的陈述以及本院确认的有效证据，认定下列事实：
“鸿源02”轮系鸿勋公司所有、勋源公司光租经营的船舶。2015年3月25日勋源公司与中良公司签订期租合同，将该轮期租给中良公司营运，租期至2017年6月1日。
2016年12月，陈民生因经营所需，向灯塔市庆丰源粮食收购站采购一批价值540289.4元的玉米，装载于10个20GP集装箱内，委托合德公司从盘锦港运至新会新港、乐从港。合德公司将该批货物的二程运输交中良公司期租的“鸿源02”轮承运。
同年12月15日2244时左右，“鸿源02”轮航经舟山沿海东半洋礁时触礁，事故造成2号、3号货舱右舷底部破损进水，大部分货物浸水。经救助打捞，涉案10个集装箱玉米因海水浸泡发胀并腐烂，后满洋公司根据环保局的要求作销毁处理。经民太安财保险公估股份有限公司公估，涉案货物推定全损，损失金额为540289.4元。
2017年1月20日，勋源公司、鸿勋公司和中良公司就“鸿源02”轮涉案事故向本院申请设立总额为2023539特别提款权及其利息的非人身伤亡海事赔偿责任限制基金。本院受理后，向已知利害关系人发出通知，并在《人民日报》上发出公告，通知债权人就与该事故有关的债权，在60日内向本院申请债权登记。同年3月13日，陈民生就“鸿源02”轮触礁事故造成其货物损失652034元向本院申请债权登记。同年5月12日，本院作出（2017）浙72民特110号民事裁定，准许勋源公司、鸿勋公司和中良公司设立海事赔偿责任限制基金，中国船东互保协会于同年6月1日向本院提供担保函，就涉案事故为“鸿源02”轮提供总额为2023539特别提款权及其利息（自2016年12月15日起至基金设立之日止按中国人民银行确定的金融机构同期一年期贷款基准利率计算）的基金及基金设立期间的利息（按中国人民银行确定的金融机构同期一年期贷款基准利率计算）担保。本院遂于2017年7月18日作出（2017）浙72民特450号民事裁定，准许陈民生的债权登记申请，债权登记申请费1000元由陈民生先行负担，可以在提起确权诉讼时列入诉讼请求。
另查明，陈民生虽与肖伟鹏订有玉米购销合同，但陈民生因货损未向肖伟鹏交付玉米，故肖伟鹏未向陈民生支付货款。
本院认为：原告陈民生购买的货物由承运人合德公司交被告中良公司进行二程运输，被告中良公司系该区段的承运人。运输途中，“鸿源02”轮发生触礁事故，三被告为此申请设立非人身伤亡海事赔偿责任限制基金，原告就其货物损失在债权登记后，有权提起确权诉讼，要求二程承运人在海事赔偿责任限制基金内予以赔偿。本案被告中良公司是“鸿源02”轮的期租经营人，系涉案货物的二程承运人；被告勋源公司系“鸿源02”轮的光租经营人、期租出租人，为涉案货物的实际承运人，两被告均应对涉案货物损失承担赔偿责任。被告鸿勋公司系“鸿源02”轮的船舶所有人，其已将船舶光租给被告勋源公司经营，既非涉案货物的承运人，也非涉案货物的实际承运人，对本案货损不承担赔偿责任。
至于原告为申请债权登记所支付的申请费1000元，依法应由被告中良公司、勋源公司负担。
综上，原告陈民生诉请有理，本院予以支持。依照《中华人民共和国合同法》第三百一十一条、第三百一十三条、《中华人民共和国海商法》第二百零四条、第二百零七条第一款第一项、《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》第一百一十六条之规定，判决如下：