认定上述事实的证据如下：
1、被告人何来明对上述为感谢叶某、孙某在渔业补助资金项目申报及验收过程中给予的关照和帮助，先后送予叶某58000元，送予孙某3000元的事实当庭予以供认，所供与叶某、孙某所证其在何来明以桐庐明凯农业开发有限公司名义申报及实施渔业补助资金项目过程中给予违规帮助，并收受何来明给予财物的事实予以印证。
2、证人周某,4的证言，证明其为桐庐农林推广中心水产站的工作人员，何来明所经营的桐庐明凯农业开发有限公司通过水产站申报2011年浙江省省级现代渔业生产发展资金项目和2012年杭州市“菜篮子”基地建设项目下属子项目水产基地建设项目的申报资料、绩效评价、总结材料都是其制作的。何来明的鱼塘面积达不到申报要求，孙某让其按申报条件“包装”项目资料，使不符合申报条件的项目可以违规申报成功，并通过制作虚假的绩效评价材料，以骗取配套资金。
3、证人朱某,4的证言，证明其系桐庐县农业和林业局副局长。桐庐农林推广中心水产站的职能主要有：水产技术推广、渔业资源增值流放、水产项目申报推荐审核、建设检查及项目验收等工作。
4、2011年省级现代渔业生产发展资金项目桐庐县省级渔业项目、2012年杭州市“菜篮子”基地建设项目申报指南及相关申报资料、绩效评价报告、总结材料、经营（出租）合同登记表、土地承包合同及土地承包协议等材料，证明被告人何来明的桐庐明凯农业开发有限公司实际承包鱼塘面积不符合申报条件的事实。
5、银行明细，证明桐庐明凯农业开发有限公司收到桐庐县财政局汇入财政补助资金共计80万元的事实。
6、事业单位法人证书材料，证明桐庐农林推广中心单位性质，宗旨和业务范围。
7、岗位职责、说明、通知、证明、公司基本情况等书证，证明桐庐农林推广中心主任及其下属水产站站长的职责；叶某从2006年至2016年任桐庐县农林推广中心主任、孙某从2006年9月起至2016年任桐庐县农林推广中心水产站站长；桐庐明凯农业开发有限公司的法定代表人系被告人何来明。
8、法院调解、执行款票据，证明被告人何来明向本院退缴违法所得748560元的事实。
9、刑事判决书，证明叶某已被本院以受贿罪判刑；孙某已被本院以滥用职权罪、受贿罪判刑的事实。
10、归案经过，证明2016年4月7日，被告人何来明经通知到桐庐县人民检察院接受调查。
11、户籍证明，证明被告人何来明的身份情况。
上述证据经庭审质证无疑，证据间能相互印证，本院予以确认。
本案事实清楚，证据确实、充分，足以认定。
本院认为，被告人何来明为谋取不正当利益，给予国家工作人员财物，其行为已构成行贿罪。公诉机关的指控成立。被告人何来明归案后能如实供述自己的罪行，且能积极退缴违法所得，依法予以从轻处罚。对辩护人所提对被告人何来明从轻处罚的相关辩护意见，予以采纳。据此，依照《中华人民共和国刑法》第三百八十九条第一款、第六十七条第三款，1997年修订的《中华人民共和国刑法》第三百九十条第一款，《最高人民法院、最高人民检察院关于办理行贿刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第一条、第五条的规定，判决如下：