本院认为，本案为航次租船合同纠纷，案涉的"盛安达108"轮在广西钦州港（21°27.84N,108°39.43E）靠泊装货，到达N007港（9°54.8N，115°32.3E）后开始卸货。因涉案的海上货物运输业务发生在我国港口之间，一审法院根据《中华人民共和国海商法》第二条的规定，正确认定本案不适用该法第四章的规定，而应适用《中华人民共和国合同法》的相关规定进行审理。本案的争议焦点为金圣达公司、江鹏公司应向闽海通公司支付的运费数额问题。由于各方当事人明确表示对本航次应付运费、应抵扣的滞期费、安全保密罚款等项目均无异议，仅对货损部分的单价及闹事罚款项目存在争议，故本院在实体部分就上述争议项目进行具体认定。
一、关于货损部分的单价如何认定的问题
上诉人主张本案货损部分单价应当按照其制作的结算清单所载明的每吨410元予以计算，并认为该结算清单上已有郭某的签字，可以视为闽海通公司对该货损金额的认可。闽海通公司表示不认可该结算清单，认为郭某无权代表该公司在结算清单上签字。
（一）关于郭某能否代表闽海通公司在结算清单上签字的问题。上诉人主张郭某有权代表闽海通公司，主要系因郭某曾在江鹏公司与闽海通公司签订的《意向书》及《船舶安全保密处罚通知书》上签字，以及"盛安达108轮"大副易孝武有关于郭某"是承运人、108轮的实际控制人"这一陈述等事由。闽海通公司主张郭某仅是本合同的一个中间人，不认可郭某能够代表该公司签署结算清单。本院认为，郭某作为"盛安达108轮"所有人桂钦公司的股东，其参与本航次租船合同的部分事宜符合常理。郭某虽在江鹏公司与闽海通公司签订的《意向书》及《船舶安全保密处罚通知书》上签字，但该《意向书》上同时加盖了闽海通公司的合同专用章、《船舶安全保密处罚通知书》上加盖有闽海通公司的公章、本案《航次租船合同》中闽海通公司公章上承运方代表处签字的为"邓林"而非郭某。现案涉结算清单作为双方对结算款项进行确认的重要凭证，仅有郭某一人的签字，闽海通公司并未盖章确认，难以认定郭某的签字能够代表闽海通公司的真实意思表示。此外，按照通常惯例，经双方确认的结算清单应存在一式两份内容相同的版本，本案中闽海通公司向法庭提交了一份与上诉人提交内容相同的结算清单，但该份单据上并无郭某的签字，表明闽海通公司的确收到了上诉人作出的结算清单，但并未就该清单作出认可的意思表示。综合以上证据，闽海通公司关于郭某在本合同的订立和履行过程中仅是中间介绍人的主张更为客观，在无证据证明郭某系闽海通公司员工的情况下，上诉人关于郭某系代表闽海通公司在结算清单上签字的主张无事实依据，本院不予采纳。
（二）关于应按410元还是365元计算货损单价的问题。本案中，各方当事人均认可货损数量为830吨，但就货损单价的标准存在争议。上诉人主张应按其与收货人中交天津工贸有限公司所订合同中袋装水泥的含税单价每吨410元计算货损，一审法院按照该合同散装水泥的含税单价每吨365元计算货损。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条规定："当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。"本案为闽海通公司起诉要求上诉人支付滞期费、运费等相关费用引发的纠纷，上诉人以存在货损等事由要求从运费中予以扣除，应对相关抵扣事项的存在及数额完成其举证责任。从本案的证据来看，《航次租船合同》所载承运货物为散装水泥，《货物交接清单》所载包装方式为"散装"，《水路货物运单》所载包装方式为"散袋"。从一审法院所作的笔录来看，负责卸货的大副易孝武称该航次运输的都是散装水泥，船长黄进忠称袋装的和散装的都有，但只有散装的水泥淋湿，其陈述与金圣达公司与收货人中交天津工贸有限公司《物资买卖合同》约定的货物包括袋装和散装两种，其中"袋装产品包装为内衬防水吨袋包装"相吻合。根据以上证据材料反映的内容，即使部分货物的包装方式为袋装，上诉人并未提供证据证明受损水泥为袋装水泥，对此应承担举证不能的不利后果。根据全案证据进行综合考量，一审法院认定受损的水泥为散装水泥并无不当。
（三）关于是否应当扣除120元运费的问题。上诉人认为一审法院在计算货损时扣除相应运费，有违合同约定。本院认为，案涉航次租船合同第4条约定"如货物发生海损，承运方应承担海损、损失部分的运费，并从运费中扣除"，这一约定的实质内容是指本航次的运费应以实际到货数量计算，发生货损的部分不计运费。现一审法院认定的本航次运费1038280.80元系按照目的港卸货数量8652.34吨计算，并非按照起运港装货数量9482.34吨计算，货损部分的运费并未计入应付运费中，这一认定已经体现了该条款的内容。上诉人用于证明其货损价值的《物资买卖合同》第五条约定，由"乙方（金圣达公司）负责送货（乙方承担运费等相关费用及运输风险，并严格遵守交通安全法律法规）"，因此该合同载明的价格为包含运费的到港价。如未发生货损，上诉人本可获得的每吨365元价款中包含了120元运费，是其履行合同必须支付的成本，在认定其实际损失时应予以扣除，故一审法院在计算上诉人实际损失时从到货价365元中扣除120元运费并无不当，上诉人的该项上诉主张不能成立。
二、关于"闹事"罚款应否支持的问题
案涉《航次租船合同》"托运方责任"第4条约定："托运人在收到卸货现场双方签收单后30个工作日，按发票支付本航次运费的70%（扣除应扣款项后）。该款支付60天内，再支付本航次30%的运费。"从该约定的表述来看，托运方本无预付运费的义务。但该合同关于闹事罚款的条款即该合同"承运方责任"第9条作出特别约定："承运方在收到托运方的预付款后，要优先解决船员工资，否则，如因工资问题造成船员为此纠纷闹事，所有产生的一切后果和经济损失均由承运方承担和赔偿，每发生一次从运费中扣款5万元。"结合上述条款的内容，闹事罚款作为本合同中的特别条款，承运方对此承担责任的前提是收到托运方的预付款后未优先解决船员工资而造成船员纠纷闹事。在本案合同履行过程中，根据上诉人提交的中交一航局四公司《关于"盛安达108轮"船员罢工闹事证明》的记录，该船船员分别于2016年3月31日、4月18日和6月4日拒绝卸货，而江鹏公司分别于2016年4月19日、6月6日预付运费350000元，在时间顺序上其支付运费均发生在船员拒绝卸货之后，并非因闽海通公司收到预付款后未优先支付给船员而引发的拒绝卸货。因此，在闽海通公司未收到上诉人预付款前发生的船员拒绝卸货，不属于该合同"承运方责任"第9条所约定的闹事罚款情形，上诉人主张从运费中扣除15万元闹事罚款的主张无事实和法律依据，一审法院对此不予支持并无不当。
三、关于一审法院是否存在适用法律错误、程序违法的问题。
上诉人主张一审法院存在违反不告不理原则、违反合同相对性、违法调取证据等情形。
（一）关于一审判决是否违反不告不理原则的问题。上诉人认为，一审法院在计算货损时为闽海通公司扣除相应运费，违反不告不理的原则，超出了闽海通公司的诉讼请求。如前所述，本案为闽海通公司起诉要求上诉人支付滞期费、运费等相关费用引发的纠纷，上诉人系以存在货损等事由作为答辩理由并要求扣除运费，闽海通公司在发表质证意见时提出对方所列单价中包含的运费成本应当扣除，各方对该部分运费是否扣除存在争议。一审法院对货损部分的运费应否扣除进行认定，是对各方争议的事项及上诉人的抗辩事由能否成立进行审查。该判决并未超出闽海通公司要求支付运费的诉讼请求，也未违反不告不理的诉讼原则。
（二）关于一审法院是否违反合同相对性原则的问题。上诉人主张一审判决援引与闽海通公司无关的《物资买卖合同》计算货损运费，违反了合同相对性原则。本院认为，该《物资买卖合同》系上诉人为证明货损价值而提供的证据，该证据中买卖货物的名称型号、货物买卖主体等内容与本案《航次租船合同》均相对应，与本案相关事实尤其是货损价值的认定具有关联性，一审法院对该份证据的真实性、合法性和关联性均予以认定。本案货损部分的价值在《航次租船合同》中并无体现，上诉人系以《物资买卖合同》来证明该事项，一审法院对其提交的证据予以认可并根据该合同的内容确认货损数额并无不当。
（三）关于一审法院是否违法调取证据的问题。上诉人主张一审法院未经当事人申请向"盛安达108轮"船长黄进忠及大副易孝武制作调查笔录，违反了《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十六条人民法院依职权调取证据的规定。本院认为，本案中是否存在运费扣减项目的举证责任在于以该事由进行答辩的上诉人一方，而上诉人提交的结算清单与闽海通公司提交的版本并不一致，因此查清结算清单上签字的郭某在本案中的实际身份是案件事实争议的焦点问题。一审法院为核实上诉人提交证据的真实性对相关人员进行调查并不违反上述司法解释的相关规定。一审判决对本案事实的认定也并非仅凭调查笔录的内容，而是将该笔录作为佐证的材料，用于印证当事人所交证据的真实性，在合理分配举证责任的基础上查明事实。上诉人关于一审法院违法调取证据、严重违反法定程序的主张无事实和法律依据，本院不予采纳。
综上所述，金圣达公司及江鹏公司的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：