原判认定，被告人马长松于2010年11月至2012年4月任云岩区住房和城乡建设局副局长，2012年4月至2014年10月任云岩区市政工程管理所书记（期间于2012年2月至2014年4月任长昆铁路（云岩段）房屋拆迁工作组副组长，长昆铁路云岩段房屋拆迁联合工作指挥部副指挥长）。
长昆铁路客运专线建设需在本市云岩区金关村开展征地拆迁，为此成立了云岩区铁路建设征地拆迁工作指挥部（以下简称区铁建征拆指挥部）。2012年2月13日，由云岩区人民政府、市铁建办、成都铁路局贵阳指挥部共同抽调人员，成立“长昆铁路（云岩段）房屋拆迁工作组”，之后又改名为“长昆铁路（云岩段）房屋拆迁联合工作指挥部”，与区铁建征拆指挥部合署办公，具体负责实施长昆铁路（云岩段）房屋征收拆迁工作，马长松为副组长。在《长昆铁路（云岩段）房屋拆迁工作方案》中载明“拆迁协议签定程序为：拆迁代办单位经办人签字-拆迁代办单位负责人签字并盖章-拆迁组组长签字-靳某审核签字-马长松复核签字-杨某签字-张某盖长昆铁路专用章后生效”。
2012年5月3日，根据贵阳市云岩区人民政府“云府专议【2012】49号”专题会议纪要的部署，明确沪昆客运专线（云某1）（长昆铁路云某1）建设项目征地拆迁安置工作由杜某同志代管，拆迁安置工作由区住建局承担，区住建局副局长马长松具体负责，区棚改办主任李玉军同志协助。同时载明：“拆迁协议签字程序：拆迁代办单位经办人签字-拆迁代办单位负责人签字并盖章-拆迁组组长签字-安达会计师事务所审核签字-靳某同志复核签字-马长松同志签字-杜某同志签字-张某同志签字并加盖专用章后生效”。区铁建征拆指挥部委托林城公司具体负责红线范围内的房屋及附属物的征拆工作。
2013年4月，金关村村委会办公室主任马汝贵、金关村村委会主任江国安（均另案处理）等人为非法获取国家征收拆迁补偿款，在长昆铁路（云某1）规划红线内，违法修建六层房屋一栋。江某，马某二人为将该违法建筑按照合法建筑标准进行拆迁补偿，多次到马长松处说情，宴请马长松并给予“红包”。
2013年7月，因该违章建筑拆迁阻力较大，马长松将该事项提交区政府讨论，但在会上汇报时，马长松隐瞒了该建筑属于“抢种房”的事实，而是将其汇报为红线划定前修好的房屋，只是在红线划定后进行了加层。导致区政府以云府专议（2013）179号会议纪要作出“关于金关村红线内尚有一栋6层砖混结构农房未拆的问题，为保障长昆铁路建设顺利推进，同意在其支持铁路建设的前提下，在原补偿标准的基础上给予一定的奖励”的决议。
2013年10月，因江某等人不满足无证房的补偿标准，其再次找到了马长松说情，马长松则在拆迁指挥部碰头会上提出如果该房屋能取得确权，就按照有证房进行补偿。且在该栋房屋进行拆迁协议进行审核时马长松积极协调拆迁代办公司戴某某及拆迁组靳某某等人进行签字盖章。
2013年11月，马长松作为拆迁工作组实际负责人，在明知该房属于违法建筑，且违法建筑应当拆除并不给予补偿的情况下，违反国家规定，审批同意对该房屋按照合法建筑进行拆迁补偿，使江某、马某等人非法获取国家拆迁补偿款5719171.85元，导致国家利益遭受重大损失。
案发后马长松在纪委调查期间主动交代了上述事实。案发后本案所涉国家经济损失已经退赃人民币4791000元。
原判决依据上述事实和一审庭审举证、质证的有关证据，依照《中华人民共和国刑法》第三百九十七条第一款、第六十七条第三款、《最高人民法院、最高人民检察院关于办理渎职刑事案件适用法律若干问题的解释》第一条第二款第（二）项之规定，以滥用职权罪判处被告人马长松有期徒刑三年。
宣判后，原审被告人马长松不服，以“一审认定事实错误、没有证据证明其滥用职权、一审量刑不当”为由提出上诉；原公诉机关在法定期限内对原审判决未提出异议。
二审庭审中，上诉人马长松当庭表示“其认罪，但其没有在2013年7月提交区政府讨论过程中隐瞒涉案房屋的事实，一审量刑过重”，其辩护人提出“上诉人马长松无罪”的二审辩护意见。出庭履行职务的检察员认为，原判决认定事实清楚、证据充分、定罪准确、量刑恰当，建议维持原判。