一审法院认定事实：刘连玉系东庄村村民。2008年9月1日，刘连玉与北京市怀柔区怀北镇东庄村社区股份合作社签订《土地承包合同书》，承包了×2.2亩土地，承包期限自1998年9月1日至2027年8月31日。2013年，因南水北调来水调入密云水库调蓄工程（怀柔段）施工需要，刘连玉承包地块中的0.3亩土地被临时占用。2013年3月，对地上物进行了清点。2014年4月，地上物被移除。
北京海创房地产土地评估有限公司受北京市南水北调工程拆迁办公室、北京市怀柔区南水北调工程拆迁办公室（以下简称怀柔南水北调拆迁办）委托，就东庄村涉南水北调工程土地的地上物进行评估，并于2013年7月24日作出《地上物评估结果报告》，估价结果为11125991元。
2013年7月22日，北京市怀柔区怀北镇人民政府（以下简称怀北镇政府）作出《关于南水北调占用东庄村土地地上物补偿方案的请示》，主要内容为：我镇东庄村京密引水渠南，为南水北调工程规划用地，占地面积为123亩。怀北镇政府本着“公平、公开、公正”的原则，制定南水北调工程占用东庄村农民口粮田补偿方案如下：1.南水北调工程中占用为我镇东庄村的土地性质为东庄村村民口粮田，占地面积123亩，其中占用承包户口粮田99.2亩，涉及254户；占用公产23.8亩。年初，部分村民在口粮田内补种了树木，3月份，怀北镇政府对补种树木进行了强制拔除，部分村民对工程实施有抵触情绪。为促使该工程的顺利实施，建议将东庄村南水北调工程占地补偿工作委托给东庄村村委会实施。2.为保证254户村民被征占用地得到公平补偿，在保证村内稳定的情况下，由南水北调协调办公室对东庄村进行总体补偿，然后再由东庄村委会自己制定地上物补偿方案，由村委会对村民进行兑付。此补偿方案报区水务局，南水北调、拆迁公司、评估公司及区上级主管部门共同审定后，由东庄村委会具体实施。具体补偿数额以评估公司出具的前期拆迁费用表为准，见附表。3.对南水北调所涉及到农户粮田的家庭承包土地，统一标准，给予一次性3万元/亩的基础地上物补偿（土地面积以实际清点面积为准），不含临时占地补偿和复垦费补偿。涉及具体农户占地地上物的，按实有的树种、物品给予一次性补偿，树种、物品价格见附件。
2013年7月25日，怀柔南水北调拆迁办将东庄村土地及地上物补偿方案有关事宜报请北京市南水北调工程拆迁办公室，主要内容为：怀北镇东庄村因在地上物入户清登时出现大量抢栽抢种现象，导致镇村干部难以做通拆迁户的工作、地上物补偿工作进展缓慢，影响了施工进场。拟采取的办法是：怀柔南水北调拆迁办只对东庄村委会进行土地和地上物补偿，双方签订补偿协议后，由村委会负责按照怀北镇政府制定的方案将补偿资金兑现给本村各被拆迁户，所需资金总额不突破双方协议金额。
2013年7月30日，怀柔南水北调拆迁办与东庄村委会签订《拆迁补偿协议》，协议主要内容为：所占地位置位于东庄村，临时占地123亩，东庄村委会权属地上物包括林木、线缆等；临时占用东庄村委会权属土地时间为两年，自2013年7月24日至2015年7月23日；临时占地补偿标准为每亩每年2000元整，一次性补助复垦费2000元每亩；当发生永久占地时，永久占地暂以临时占地补偿标准进行补偿，待永久占地相关手续完成，且确定补偿标准后，再另行签订永久占地补偿协议，并支付补偿款，但永久占地补偿款中需扣除此前暂按临时占地补偿标准支付的补偿款；怀柔南水北调拆迁办支付给东庄村委会权属林木补偿范围内的林木补偿费用7003705元；怀柔南水北调拆迁办支付给东庄村委会临时占地补偿费用（含永久占地）总计492000元，复垦费246000元；补偿费包括地上附属物补偿费4122286元；补偿款共计11863991元；经市办、区办、怀北镇政府协调确定，此次南水北调来水调入密云水库调蓄工程征地拆迁项目的拆迁补偿一次性补偿给东庄村委会；东庄村委会依据怀北镇政府关于南水北调占用东庄村土地地上物补偿方案及相关法律法规，负责涉及东庄村承包户拆迁补偿款的发放工作，拆迁补偿完成后，相关档案资料报至怀柔南水北调拆迁办备案。2013年8月1日，怀柔南水北调拆迁办将补偿款共计11863991元支付给东庄村委会。
2014年8月15日，怀柔南水北调拆迁办作出《关于对怀北镇东庄村刘福银等未签拆迁补偿协议户的答复》，主要内容为：南水北调来水调入密云水库调蓄工程属北京市重点工程。2013年1月底，在全线地上物放线、调查摸底完成后，怀北镇东庄村开始出现严重的抢栽抢种现象，虽经怀北镇政府劝阻但抢栽抢种没有停止。2月27日各镇陆续开始进行详细入户清登工作，由于区政府明确对于任何抢栽抢种抢建一律不予补偿，使得东庄村的入户清点出现困难，怀北镇政府初期对东庄村的进场清点工作一直未能进行。后经区政府多次督促，从3月14日起才进场清登，到3月22日清点完毕，村民在地上物清登底单上签字确认。评估公司在地上物清登时，对当时地上物予以全部记录，但对抢栽抢种的地上物予以明显标记。3月28日，区政府召开会议，要求怀北镇政府立即遏制村民的抢栽抢种行为。随后，怀北镇政府3月29至31日组织人员对抢栽抢种地上物进行了清除。地上物入户清登完成后，各镇陆续进入洽谈补偿协议阶段，但怀北镇东庄村因为抢栽抢种地上物被清除，造成洽谈补偿协议工作迟迟无法开展，严重影响了工程施工进场。怀北镇党委、政府与东庄村党支部、村委会经过多次商议和研究后，拟定出对东庄村拆迁户采取统一基准地上物补偿标准和按合理密植度相结合的综合补偿方式，单独制定了东庄村补偿方案。怀柔区南水北调拆迁办在2013年7月22日收到怀北镇政府提出的解决方案后，立即组织市南水北调拆迁办、怀北镇、评估公司、拆迁公司、监督公司等有关单位召开会议研究，会议同意怀北镇提出的方案，并形成会议纪要。怀北镇制定的东庄村补偿方案经过了区领导的汇报同意，并且上报了市南水北调拆迁办备案同意。2013年8月1日，怀柔南水北调拆迁办将拆迁补偿款一次性全部拨付给东庄村委会，共计11863991元，其中村公产5354113元，254户拆迁补偿6509878元。拆迁补偿是以评估公司入户清登的地上物为评估依据，对抢栽抢种的地上物没有评估，也不予补偿。
2015年1月，怀柔南水北调拆迁办与东庄村委会签订《补充协议书》，协议主要内容为：临时占地延期补偿截止时间至2015年12月31日，原拆迁补偿协议截止时间作废，以补充协议截止时间为准；临时占地延期补偿标准执行南水北调来水调入密云水库调蓄工程征地拆迁项目（第三标段）拆迁补偿协议相应标准（复垦费不予考虑）；怀柔南水北调拆迁办应支付给东庄村委会临时占地延期一年费用246000元。
2015年4月，怀柔南水北调拆迁办作出《关于怀柔区怀北镇东庄村村民上访相关事宜的回复》，主要内容如下，一、东庄村补偿方案制定问题。补偿方案主要内容是：1.委托东庄村委会实施地上物补偿工作；2.统一基准地上物补偿价3万元/亩；3.补偿3万元后再按照合理密植度(京政办发2007年20号文)对各户实际清点的地上物按照市场价格进行补偿(该补偿标准参照南水北调标准，但不同于该标准)。补偿方案上报后，7月南水北调办公室以会议纪要的形式批准了该方案的实施。该方案的制定未采取村民代表会通过的方式，主要原因是东庄村共有808户村民，而南水北调占地涉及254户，并不涉及全体村民，若在村民代表会讨论，容易出现不稳定因素，影响重点工程顺利推进。二、东庄村补偿款问题。2013年8月1日，怀柔南水北调拆迁办将补偿款全部打入东庄村委会，共计11863991元。目前承包人254户中，已签订补偿协议250户。三、临时占地延期一年租金问题。按照南水北调拆迁办公室工作部署，统一按照每亩2000元支付。四、东庄村补偿工作由怀柔南水北调拆迁办委托东庄村委会实施，由村委会作为甲方与占地户签订了临时占地补偿协议。五、土地复垦问题。已召开了南水北调建设方、设计方、施工方工作会，进行了工作部署，要求严格按照设计标准进行土方回填。
法院向怀柔南水北调拆迁办调取有关东庄村的拆迁补偿资料，但怀柔南水北调拆迁办的档案材料中不包含地上物清点单、评估表及各户村民应得补偿款数额等基本信息。后法院向怀北镇政府调取相关材料，怀北镇政府留存的档案中，包含评估项目地上物清点表的复印件，打印制作的地上物评估明细单。评估项目地上物清点表左侧载明：枣树，“枣”左侧被标记了三角，下方被标记了“（无头）”；树径10至12厘米的枣树，棵数为23+3；树径12至14厘米的枣树，棵数为53×2；树径15至17厘米的枣树，棵数为53×2，此处的“17”为涂改后的数字，原记载数据被涂；树径18至20厘米的枣树，棵数为30+2；右侧载明：树径8至10厘米的栗树，棵数为10+8，此处的“10+8”为涂改后数据，原数据为“18”；树径6至8厘米的栗树，棵数为18+16；树径4至5厘米的栗树，棵数为18×3；树径3至4厘米的栗树，棵数为18×2；树径3至4厘米的杏树，棵数为18×2；树径2至3厘米的核桃树，棵数为18×2；树径8至10厘米的桃树，棵数为8，但该行字迹被“横线”划掉；刘连玉在产权人栏签名确认。庭审中，刘连玉主张，上述涂改及标记均发生在清点并签名之后，且地上树木系退耕还林后所种植，没有一棵是抢栽抢种的。地上物评估明细单为打印清单，没有签名签章，记载的补偿款明细为：1.栗树，8至10厘米，18棵，单价384元，共6912元；2.栗树，6至8厘米，14棵，单价288元，共4032元；3.栗树，3至4厘米，36棵，单价20元，共720元；4.基础地上物，0.3亩，30000元每亩，共9000元；5.临时占地费，0.3亩，4000元每亩，共1200元；6.复垦费，0.3亩，2000元每亩，共600元；合计22464元。东庄村委会同意给付刘连玉上述款项以及2015年的临时占地费600元。
东庄村委会申请证人于某、魏某出庭作证。据证人于某陈述，其系原怀北镇政府农业发展综合办公室主任，曾负责监督东庄村委会核算每户村民应得补偿款。于某称，东庄村委会关于南水北调占地补偿款的计算，主要依据《北京市森林资源保护管理条例》第十三条第三款的规定，经济林以前三年平均产值计算，鲜果按照5至6倍计价，干果按7至8倍计价；合理密植度依据2007年4月12日北京市园林绿化局、国土资源局联合发布的关于抢栽抢种的文件。于某称其在计算补偿款时，看到的是地上物清点表的复印件，未曾见到原件；根据当时的要求，清点表上打钩的做标记的先不考虑补偿。于某称具体计算方法是：根据过去村里分地的台账，2.65米为一畦，再根据长度计算出面积；面积乘以0.015或者除以666.7核算出亩数，一般亩数考虑到毫；然后根据地上物清点表先找树径最粗的；接下来考虑合理密植度，根据合理密植度乘以亩数再乘以树径最粗的树的补偿价，计算出补偿款上限，在此范围内，根据清点表中所载明的地上物情况，按树径从大到小，考虑补偿棵数和价格；超出合理密植度的不予补偿。于某称，东庄村村民的地上物补偿均按上述标准计算，由其和东庄村委会按照清点表共同计算出一个地上物评估明细单，当场与村民核算，如果村民没意见就签订合同，将地上物评估明细单附在合同后面，如果村民不同意就不签合同，再做工作。
于某称刘连玉的补偿款计算方法是：地上物清点表左侧的枣树被做了标记，右边的栗树没做标记，栗树8至10厘米的18棵，6至8厘米的34棵，4至5厘米的54棵，3至4厘米的36棵，剩下就是杏树3至4厘米36棵，2至3厘米36棵，桃树被划了；刘连玉的地是0.3亩；先看粗树，12厘米以下的栗子树还是按照密植度每亩55至111棵，0.3亩×111=33.3棵。33.3棵×384元=12787.2元，现在8至10厘米的给补偿18棵，6至8厘米的补偿14棵，3至4厘米的补偿29棵，就补偿完了。合理密植度已经到了，其他杏树和核桃树就不给补偿了。
证人魏某称其为现任东庄村党支部书记，南水北调占地时的东庄村党支部书记和村主任均为张家源，当时入户清点时分两组，有评估公司和审计公司；入户清点完毕后魏某接手相关工作；当时由于某负责计算补偿款，把村民叫到村委会，对照清点表由于某计算评估明细表，如果同意就当场签订补偿协议，如果不同意就再做思想工作。
刘连玉对于某、魏某的证人证言的真实性认可，但对关联性和证明目的不认可。
另查明，《实施办法》第十三条规定：“工程建设占用或征用林地采伐林木的，按下列标准给予补偿：……（三）经济林以前3年平均产值为基数，鲜果按5至6倍计价，干果按7至8倍计价，有材值的另加材值计价；未形成产量的，按实际投入计算。”2007年4月12日发布的京政办发z2007{20号文，即《北京市人民政府办公厅转发市园林绿化局市国土局关于遏止本市基础设施建设征地拆迁过程中抢栽抢种树木苗木行为意见的通知》，根据该文件，经济林栽植密度表中所载的板栗栽植密度为55至111株每亩。怀北镇政府作出的《关于南水北调占用东庄村土地地上物补偿方案的请示》附件中的《东庄村地上物补偿标准》载明，树径3至4厘米的栗树补偿标准为20元每株，树径6至8厘米的栗树补偿标准为6斤每株×6元每斤×8=288元每株，树径8至10厘米的栗树补偿标准为8斤每株×6元每斤×8=384元每株。
上述事实，有土地承包合同、拆迁补偿协议、补充协议、进账单、记账凭证、地上物补偿方案、评估报告、评估项目地上物清点表、地上物评估明细单及双方当事人的陈述意见等证据在案佐证。