经审理查明，太仆寺旗鸿亿物流运输有限责任公司于2005年11月25日成立，法定代表人为廖某成，经营范围为普通货物运输。2008年4月至2011年4月期间，计建奎在鸿亿公司担任总经理职务，负责鸿亿公司与福田公司运输商品车的工作以及鸿亿公司与其他协作物流公司和个人车辆运输福田公司商品车的工作。计建奎与鸿亿公司的工作流程为：计建奎通过电话联系鸿亿公司，鸿亿公司通过银行汇款将运费汇到计建奎账上，由计建奎负责向相应的物流公司或者承运司机支付运费。其中计建奎向承运司机支付运费时，都会相应填写一张借款单。此借款单主要记录运输时间、车辆简要信息、金额等内容，领取运费的司机也需要在借款人处签名，该借款单用于计建奎与公司报账使用。计建奎在每月初将上月的借款单通过快递寄回公司。同时计建奎还会制作相对应的电子版财务台账和业务台账，以电子邮件的形式发至鸿亿公司的电子邮箱中。鸿亿公司与福田公司的工作流程：首先由承运商提供收货方加盖公章确认收货的“车辆交接验收单”，福田公司在确认收货方收到货后，制作“承运商结算报表―支出”，之后鸿亿公司依据“承运商结算报表”开具发票，福田沙河公司审核发票入账向鸿亿公司支付运费。
另查明，鸿亿公司与福田公司之间就福田公司的商品车运输，约定了运输范围、服务保证、运费标准、结算方式、运作要求等条款。计建奎本人为鸿亿公司派往福田公司负责运力管理、过程管理和鸿亿公司业务沟通的人员，同时其还负责鸿亿公司与其他协作物流运输公司及个人车辆运输商品车的工作，主要包括签订商品车运输协议、装配商品车、预付运输款、商品车安全送达后交接单回单情况、结算剩余运费等相关业务。鸿亿公司廖某成与计建奎分别于2009年3月7日和2010年2月19日签订两份协议书，约定了2009年度和2010年度的运营管理和利润分配方式。据此，计建奎在负责管理期间，应按照鸿亿公司制作的业务报表和财务报表的格式及要求，以电子邮件的形式逐日上报发运福田公司商品车和支付承运车辆运费的情况，并将发车手续、签订的运输合同以及给付承运车辆的付款手续（借款条）及时交回鸿亿公司，便于公司会计记账和公司监督。2011年2月，鸿亿公司与计建奎就2009年和2010年合作期间账目进行了核对，并依据两份协议以及运营资金账目往来情况与计建奎结算了账目，在计建奎所应分得的利润中经折抵应扣除的款项后，鸿亿公司于2011年2月9日向计建奎出具了一张275601元的欠条。2011年4月19日计建奎被解职。
二审庭审中，张家口诚信司法会计鉴定中心负责人曲某，鉴定人武某、曹某出庭作证，并提交了《司法鉴定许可证》及《司法鉴定人执业证》。证明了2012年12月21日，原审桥东区人民法院委托张家口诚信会计师事务所有限公司（简称：诚信会计公司）就鸿亿公司给福田公司所开发票与福田公司所记载的发票及他们之间的收付款凭单是否相符；福田公司与鸿亿公司及计建奎之间运费的收支情况；案件卷中所指控的各项台账与相关记录是否符合等事项进行鉴定。就此该公司于2013年12月25日出具了《张家口诚信司法会计中心司法鉴定意见书审查意见书》。张家口诚信会计师事务所有限责任公司具有《司法鉴定许可证》，在该《司法鉴定意见书》上签名的司法鉴定人武某具有《司法鉴定人执业证》、曹某没有《司法鉴定人执业证》。
上述事实，有以下证据证实：
1、鸿亿公司的营业执照证实了该公司成立时间、性质、经营范围。
2、计建奎的任职证明及户籍信息证明了计建奎系负完全刑事责任年龄的人；2008年4月至2011年4月期间担任鸿亿公司总经理。
3、北京宝供福田物流有限公司（简称：福田公司）情况说明证实了福田公司与鸿亿公司之间关于运输商品车的结算流程。
4、太仆寺旗鸿亿物流运输有限责任公司（简称：鸿亿公司）情况说明证实了鸿亿公司与计建奎之间关于运输福田公司商品车事项的工作流程。
5、北京宝供福田物流有限公司（甲方）与太仆寺旗鸿亿物流运输有限责任公司（乙方）的商品车运输合同书复印件证实，两公司之间签有商品车运输合同，且约定了运输范围、服务保证、运费标准、结算方式、运作要求等条款。
6、鸿亿公司提供的2009年1月5日至2011年2月21日的业务报表和2009年4月1日和2011年1月29日的财务报表。网易公司提供的电子证据（光盘）计建奎电子邮箱（邮箱号ｊｉｊ×××＠163.ｃｏｍ）鸿亿公司电子邮件箱（邮箱号ｔｐｓ×××＠163.ｃｏｍ）后台数据（光盘一张）。证实计建奎填报的业务报表和财务报表与卷中的业务报表和财务报表数据均一致。
7、2009年3月7日、2010年2月19日签订的两份协议书证实，鸿亿公司与计建奎约定的2009年度和2010年度的运营管理和利润分配方式。
8、2011年2月9日鸿亿公司给计建奎出具的欠条证实，鸿亿公司与计建奎就2009年和2010年合作期间账目经核对，计建奎从应分得利润扣除应扣款项外，鸿亿公司尚欠计建奎275601元。
9、被告人计建奎供述证实，他本人负责将业务台账、财务台账以电子邮件的形式发送到鸿亿公司邮箱，借款单以邮寄形式送到鸿亿公司。
10、北京宝供福田物流有限公司（甲方）与太仆寺旗鸿亿物流运输有限责任公司（乙方）的商品车运输合同书复印件证实运输的相关内容。
11、《司法鉴定许可证》证实，张家口诚信司法会计鉴定中心具有司法鉴定资质；《司法鉴定人执业证》证实签名鉴定人武某具有司法鉴定资格。
上述证据，均经一、二审庭审举证、质证，本院予以确认并采用。
根据本院查明的事实、证据及相关法律规定，针对一审判决及上诉人提出的上诉理由、辩护人所提辩护意见、出庭检察员发表的意见综合评判如下：
1.一审认定被告人计建奎构成职务侵占罪的关键证据之一即《张家口诚信司法会计鉴定中心司法鉴定意见书审查意见书》中，两名签字鉴定人之一无《司法鉴定人执业证》，不具有司法鉴定资格。该鉴定违反了《司法鉴定程序通则》中应当有两名鉴定人员共同进行鉴定的相关规定，属程序违法，故该鉴定意见不能作为定案的证据使用，上诉人及辩护人提出的该上诉理由及辩护意见予以采信。检察员所提张家口诚信司法会计鉴定中心出具的会计鉴定是由注册会计师作出的，符合刑事诉讼法的规定、具有法律效力，应当作为定案依据的出庭意见不能成立。
2.一审对公诉机关指控的第一、二项即计建奎以虚报台账方式侵占单位资金的事实予以认定的主要证据之一是鸿亿公司提供的“承运商结算表-支出”（简称：“结算表”），但鸿亿公司称此“结算表”是由计建奎提交的，而计建奎辩解否认。检察员出庭意见也仅提出该“承运商结算表-支出”不是鸿亿公司伪造的出庭意见，但没有具体的指向，故现有证据无法确定据以定案的该“结算表”来源于何处；另针对该“结算表”福田公司先后所出具的说明也均否认系该公司提供的，而辩护人提交的2012年8月21日由福田公司“乘用车销售管理部”出具的证明却证实有部分业务与指控的业务能够对应、并已计酬。据此上诉人及辩护人所提该“结算表”不能作为证据使用的上诉理由及辩护意见成立，予以采信。
3.关于一审认定原审被告人计建奎侵占鸿亿公司70000元卖车款的事实。经查，现有证据不能排除鸿亿公司对该卖车款并不知情，也没有证据证实计建奎作了虚假账目处理。同时计建奎与鸿亿公司之间存有利益上的分配关系，不能认定计建奎已侵占了该70000元。故对上诉人及辩护人所提计建奎出售受损车辆是经过鸿亿公司同意，上诉人与鸿亿公司还有账目没有结清，一审认定上诉人侵占鸿亿公司7万元买断车销售款不能成立的上诉理由及辩护意见予以采信。
4.关于上诉人及其辩护人所提上诉人与鸿亿公司是合作关系，上诉人不是鸿亿公司总经理，不构成职务侵占罪的主体资格的上诉理由及辩护意见。经查，上诉人计建奎与鸿亿公司所签协议明确了计建奎具体负责福田公司商品车的运输工作，其工作职责的性质，不影响其构成职务侵占罪的主体资格的认定，其职务是否为总经理也不是构成职务侵占罪主体资格的必要条件。故该上诉理由及辩护意见不能成立。