本院经审查认为：原告提供的证据7交工验收证书、工程质量评定表、证据8工程决算书及决算造价汇编、证据9三份签收单、证据13任职通知，被告对其真实性无异议，对其关联性和合法性也没有提出异议，仅对其证明力提出看法，故本院对这些证据均予以认定，至于被告是否负有向原告支付工程款的义务，应结合其他证据综合认定；证据10建设单位询证函系原件，其内容与证据7、8能够相互印证，本院予以认定；证据12关于支付工程款的函、邮寄查询单系原件，邮件的收件地址也与被告的工商登记地址一致，本院亦予以认定。
被告提供的证据二对账单，除落款日期外，其内容与原告提供的证据11完全一致，本院予以认定；证据三海航公司支付款项清单与明细、证据七记账凭证由被告自行制作，视为其单方陈述，不作为证据认定；证据四上海市公安局浦东分局调查函、证据五镇江市润州区人民法院民事调解书及收款收据均系原件，能够证明原告经手领取了海航公司出具给被告的银行汇票，与本案有关事实相关联，本院予以认定；证据六催款函及快递单查询，原告对其真实性无异议，对其关联性和合法性也没有提出异议，仅对其证明力提出看法，故本院予以认定。
根据双方当事人的陈述以及本院确认的有效证据，认定下列事实：
经原告张丙国联系运作，被告中交三公司于2008年1月21日中标承建海航公司位于三门健跳南道头的船台桩基工程，双方于同年1月25日签订了船台桩基工程施工合同，约定承包方式为包工包料，一次性包干，合同价款为1225万元，工期自同年2月14日至同年4月14日，合同还对付款办法等进行了约定。同年3月26日，被告又中标承建海航公司船台桩基上部的1#至3#船台工程，双方于同年5月20日签订了船台工程施工合同，约定承包方式为包工包料，一次性包干，合同价款为25158912元，工期自同年4月20日至同年7月20日，合同对付款办法等也进行了约定。
同年3月4日、5月20日，被告与原告先后签订了两份协议书，约定对上述船台桩基工程及船台工程进行合作。该两份协议均约定：由被告负责制作投标文件，负责做标中有关公证资料的准备，自行承担项目投标和运作有关费用和开支，对工程实施过程进行监督等；原告负责被告在资审和投标过程中有关关系的处理，中标后负责全部地方关系的协调及相关费用，确保工程顺利实施，自行负责本项目运作中承担的全部费用，并在被告统一管理和监督下负责本工程履行保证金、所有债务和工程的所有垫资，依工程进度上缴被告管理费，税收由被告代扣代缴，工程由原告在服从被告现场管理下相对独立实施，被告委派项目经理对原告进行全过程管理，分别收取现场管理费20000元和50000元，每月最少派2人到现场检查施工执行情况，其费用由原告承担，如果应业主或原告要求长期派驻人员，所派人员工资及差旅等费用由原告承担等。两份协议中，双方均明确约定：原告每次从业主处收到的工程款必须首先汇入被告指定的账户，然后向被告办理有关付款手续，被告再按审核后的金额付给原告，原告提供正式发票；资金支付按照业主资金到被告项目部账户后，被告按照经过业主审批的完成工程量扣除上缴被告管理费用和人员工资后支付给原告。
协议书签订后，经原告组织，涉案船台桩基工程于2008年2月4日开工，至2009年1月20日竣工；船台上部结构工程于2008年4月20日开工，至2009年10月20日竣工，并于2009年10月23日办理了交工验收证书。施工期间，被告派出项目经理等技术人员对涉案工程进行监督管理。2009年10月29日，被告、海航公司及工程监理单位完成涉案工程竣工决算，决算金额为36146249元。2010年12月13日，被告、海航公司会同工程监理单位完成工程质量评定，确定桩基工程质量等级为优良，上部结构工程质量等级为合格。2012年8月22日，被告与海航公司经对账，确认海航公司已付工程款2728万元，尚欠8866249元，被告扣除管理费、所派人员工资及差旅费494844.68元后，支付给原告26785155.32元。
2016年12月11日，原告致函被告，称被告就涉案工程已收取合作费770000元，至今尚拖欠工程款8866249元，要求被告予以支付。未果后于2017年3月14日提起本案诉讼。
另查明，被告中交三公司中标涉案工程时，具有港口与航道工程施工总承包壹级资质。
本院认为，本案系建筑工程承包一方的内部纠纷。作为建筑工程承包方，被告中交三公司具有港口与航道工程施工总承包壹级资质，与海航公司订立的船台桩基工程施工合同和船台工程施工合同合法有效。被告中交三公司与原告张丙国订立的两份合作协议，从内容上看，虽然被告对涉案工程仍有派出项目经理等技术人员进行监督管理的义务，但本质上属于将全部建设工程转包给原告的协议，而且，原告还没有相应的资质。因此，该两份协议违反了合同法的相关规定，为无效协议。
对于被告是否具有向原告付清海航公司拖欠工程款的争议，原告认为，尽管其与被告订立的合作协议书无效，但相关协议已经履行完毕，且涉案工程施工质量为合格及优良，被告应按约定履行其义务；原告与海航公司没有合同关系，没有办法催讨欠款，只能向被告索要拖欠的工程款。被告则认为，无论原、被告签订的合作协议是否有效，鉴于涉案工程已经施工完毕且质量合格，本案均应按双方当事人的约定进行处理；对于工程款的支付，原、被告双方明确约定原告可以向业主收取，并且应当首先汇入被告指定的账户，被告扣除管理费用和人员工资后再支付给原告，相关事实也证明了原告可以向业主收取工程款；被告收到的工程款扣除相关费用后均已支付给了原告，业主拖欠工程款，被告没有垫付的义务；原告向业主索要工程款，被告可以出具相关手续。
对此，本院认为：首先，鉴于涉案工程已经施工完毕且施工质量为合格与优良，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定的精神，原、被告双方的争议可根据双方的约定加以处理。原、被告双方在合作协议中明确约定：原告每次从业主处收到的工程款必须首先汇入被告指定的账户，然后向被告办理有关付款手续，被告再按审核后的金额付给原告，原告提供正式发票；资金支付按照业主资金到被告项目部账户后，被告按照经过业主审批的完成工程量扣除上缴被告管理费用和人员工资后支付给原告。据此约定，在业主没有支付工程款的情况下，被告没有垫付工程款的义务；其次，涉案工程通过原告组织施工获益的主要是业主而不是被告，让被告支付工程款，不符公平原则；最后，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十六条之规定，原告可以向海航公司主张拖欠的工程款，法律上并无任何障碍。
综上，原告要求被告支付工程欠款及逾期付款利息的诉讼请求，缺乏事实和法律依据，本院不予支持。根据《中华人民共和国合同法》第五十二条第（五）项、第二百七十二条第二款、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第四条之规定，判决如下：