被告大成华智公司、青岛公用设计院辩称，本案在2013年就侵害计算机软件著作权纠纷案由下委托了相关机关对软件同一性进行鉴定，原告庭审中变更为侵害商业秘密纠纷没有依据；大成华智公司不构成侵害商业秘密，鉴定书中只证明了有24个表相同，但并未认定该24表构成商业秘密；鉴定报告中实质相同仅是功能相同，不属于商业秘密保护范畴；鉴定报告中相同的部分属于公知技术；本案并不涉及人身权，不应赔礼道歉；原告诉求金额过高，实质相同的表所占比例较低，且总共的开发费用仅为50万，被告也受到了相应的刑事制裁，故不同意原告的全部诉求。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对有争议的证据和事实，本院认定如下：
理正公司（原名北京理正软件设计研究院有限公司，于2012年5月16日更名为现名）系1995年7月3日成立的股份有限公司，经营范围包括基础软件服务、应用软件服务、计算机系统服务、销售软件及辅助设备等。
原告享有著作权的软件产品《理正建设企业管理信息系统V4.8》于2009年06月15日开发完成，并于2009年7月8日首次发表，2009年12月31日完成软件著作权登记并取得《计算机软件著作权登记证书》。管理信息系统，英文名ManagementInformationSystem,简称MIS，是指由人和计算机网络集成，能提供企业管理所需信息以支持企业的生产经营和决策的人机系统。该系统2001年开始投入研发，由三个部门共同研发，历经十余年，投入大量的人力、资金研发。功能主要是解决工程设计领域企业的生产经营活动。平台是一个整体的设计，主要由代码加数据库组成，源代码是理正公司自己开发的代码，交给用户的都是执行代码，数据库包括平台设计配置数据库和用户业务数据库。
理正公司的员工手册、计算机等电子类设备使用管理办法、公司信息安全管理制度规定了公司的保密制度，员工不得对内、对外无关人员泄露公司的技术、经营管理数据和信息，以及客户的相关资料信息，离职后，不得对其他人泄露公司的任何商业秘密，要遵守与公司签订的保密协议。理正公司的计算机等电子类设备使用管理办法、公司信息安全管理制度规定，理正公司规定不允许员工向自备设备中拷入公司资料；使用人对设备内的全部系统、文档附有严格保密的责任。设备使用后应及时归还。如发生使用公司设备、自备设备私自保存、带走、传播公司资料等泄密的情况，将依据保密协议依法追究。不得私自使用光盘刻录公司任何资料。因工作需要复制到USB设备、移动硬盘等上的资料，用后应及时清除。任何未按公司要求从公司计算机内复制数据或软件的行为都将被视为偷窃行为。
臧廷杰于2003年2月到理正公司，参与理正管理系统的研发。后历任项目经理、项目管理总监。自2006年7月从事经营和项目管理工作，于2009年与理正公司签订合同，任企业客户服务副总监及客户服务中心主任，任总监期间，负责理正公司所有管理信息系统项目的监管工作，工作期间与公司签订了保密协议，2011年5月30日离职。何晨亮原系理正公司MIS综合开发部常务副主任，2011年6月从该公司离职。刘春刚原系理正公司MIS应用开发部常务副主任，2011年5月从该公司离职。其间，刘春刚、何晨亮与理正公司签订了劳动合同，负责公司项目的开发和应用技术支持等工作，合同中规定了理正公司每月向二人支付保密费，合同约定理正公司对其商业秘密（包括经营信息和技术信息等）采取了适当的保密措施，二人应对该保密信息承担保密义务，除非是为了履行工作职责在甲方许可限度内使用该保密信息。在离职两年内，应该遵守合同的约定，不能直接或间接实施与本合同约定冲突的行为，应该恪守保密协议的义务。何晨亮、刘春刚领取了公司2010年员工手册。此外，理正公司于2011年9月支付何晨亮竞业避让费（保密费）3020元，支付刘春刚竞业避让费3000元，理正公司于2011年4月、5月向刘春刚、何晨亮发放工资中包含了保密费。
2011年4月28日何晨亮、刘春刚与臧廷杰等人开始注册大成华智公司,2011年5月31日，何晨亮、刘春刚与臧廷杰等人共同出资成立了大成华智公司，该公司系自然人投资控股的有限责任公司，经营范围包括基础软件服务、应用软件服务、销售软件及辅助设备等。公司股东为高琳琪、何晨亮、刘春刚、彭畅、臧廷杰，法人高琳琪，2011年12月29日，公司股东变更为何晨亮、刘春刚、臧廷杰、高琳琪。何晨亮在该公司负责技术平台开发，刘春刚在该公司负责项目二次开发、项目实施，臧廷杰系该公司负责人。2011年9月9日大成华智公司取得据称2011年7月20日开发完成的《大成华智管理信息系统平台软件[简称：大成MIS平台]V1.0》的计算机软件著作权登记证书。2011年10月31日大成华智公司取得据称2011年8月31日开发完成的《大成管理信息系统软件[简称：大成管理系统]V1.0》的计算机软件著作权登记证书。
2012年至2013年间，大成华智公司向青岛公用设计院销售其研发的管理信息系统，销售金额50万元。大成华智公司主要是臧廷杰来谈业务，后期由刘春刚进行安装、维护，负责技术。
理正公司认为通过初步了解大成华智公司上述两个产品的系统架构、数据库结构及相关的组件、功能实现方式、界面展现与操作方式等，已经证明是非法获得该公司《理正建设企业管理信息系统V4.8》的核心技术，于是向司法机关控告大成华智公司和臧廷杰、刘春刚、何晨亮涉嫌侵犯商业秘密犯罪，北京市西城区人民检察院分别对臧廷杰及刘春刚、何晨亮提出控告侵犯商业秘密罪，北京市西城区人民法院分别作出(2016)京0102刑初549号刑事判决书和(2015)西刑初字第449号刑事判决书，两份刑事判决书均认定臧廷杰及刘春刚、何晨亮侵犯商业秘密罪，臧廷杰及刘春刚、何晨亮分别提出上诉，经北京市第二中级人民法院审理后均裁定驳回上诉、维持原判。(2016)京0102刑初549号刑事判决书于2016年12月23日发生法律效力，(2015)西刑初字第449号刑事判决书于2016年8月31日发生法律效力。
在前述刑事案件中，工业和信息化部软件与集成电路促进中心知识产权司法鉴定所出具的工信促司鉴中心【2015】知鉴字第205号司法鉴定意见书记载：“鉴定组召开讨论会议，对委托方提交的青岛市公用建筑设计研究院有限公司移动硬盘中的文件进行查找分析，提取相应的代码和数据库文件，分别与北京理正软件股份有限公司的代码和数据库文件进行同一性比对。”“三同一性分析委托方提交的鉴定材料(1)为青岛市公用建筑设计研究院有限公司移动硬盘。鉴定组对该移动硬盘中的全部内容进行查找、分析和提取，然后与理正公司对应的代码和数据库文件进行比对。”“四鉴定意见经过鉴定组的分析，达成如下鉴定意见：1．青岛市公用建筑设计研究院有限公司移动硬盘中存在目标代码文件DCHZ.BaseLayer.DataAcess.dll和DCHZ.BaseLayer.Base.dll，反编译后与理正公司管理信息系统相应代码文件相比，其中有对应关系的1个源代码文件的函数名称基本相同，1个源代码文件部分相似。青岛市公用建筑设计研究院有限公司移动硬盘中存在与理正公司管理信息系统数据库文件的实质相同的数据库表共24个，具有同一性，占理正公司主张的数据表文件的36.4%，部分相似的数据库表共11个，占理正公司主张的数据表文件的16.6%；实质相同的数据库存储过程／函数共4个，具有同一性，占理正公司主张的数据库文件的13%，部分相似的数据库存储过程／函数共1个，占理正公司主张的数据库文件的3.2%。”
工业和信息化部软件与集成电路促进中心知识产权司法鉴定所出具的工信促司鉴中心【2015】知鉴字第217号、208号司法鉴定意见书证实，理正公司所主张的管理信息系统软件的30个相关代码文件中，19个代码文件属于不为公众所知悉的技术信息，其中包括8个函数；理正公司所主张的管理信息系统软件的基础类库模块的12个源代码文件中，7个代码文件属于不为公众所知悉的技术信息。工业和信息化部软件与集成电路促进中心知识产权司法鉴定所出具的司法鉴定意见书2015【205】号证实，青岛公用设计院移动硬盘中存在与理正公司管理信息系统数据库文件的实质相同的数据库表共24个，具有同一性，占理正公司主张的数据表文件的36.4%，实质相同的数据库存储过程/函数共4个，具有同一性，占理正公司主张的数据库文件的13%。
工业和信息化部软件与集成电路促进中心知识产权司法鉴定所出具的司法鉴定意见书【2015】第126号证实，理正公司主张的66个数据库表和31个存储过程/函数不为公众所知悉，属于非公知技术信息。
2009年6月17日，青岛市建筑设计研究院股份有限公司与理正公司就“青岛市建筑设计研究院第六分院项目信息管理系统”签订了《技术开发合同》，约定通过搭建设计院信息化管理平台，建立以计算机为手段的管理信息系统，实现对青岛市建筑设计研究院第六分院的项目信息化管理，提升管理水平。该合同中的项目接收负责人系夏纪斌，后夏纪斌成为青岛公用设计院的副院长，同时其也是臧廷杰涉案刑事案件的证人。臧廷杰是《MIS项目任务书》中记载的任务下达部门的负责人。
2012年4月20日，青岛公用设计院与理正公司就“青岛市公用建筑设计研究院有限公司管理信息系统”签订了本案涉诉软件的《技术开发合同》，该公司购买了大成华智公司的管理系统软件，前后共支付软件开发费50万元。大成华智公司主要是臧廷杰来谈业务，2012年4月，臧廷杰到该公司谈项目时介绍了公司软件，说明软件优势，演示公司产品，后期刘春刚进行安装、维护，负责技术。
庭审中，青岛公用设计院未向本院提交证据证明其已及时停止使用涉案计算机软件，理正公司亦不认可青岛公用设计院已经停止侵权，仍坚持主张青岛公用设计院立即停止侵权。
诉讼过程中，本案恢复审理之后，因与本案相关的侵犯商业秘密刑事案件审结，判处了大成华智公司主要相关人员臧廷杰、刘春刚、何晨亮侵犯商业秘密罪成立并被判处刑罚，理正公司向本院申请变更了诉讼案由，即侵犯计算机软件著作权纠纷变更为侵犯商业秘密纠纷，该商业秘密主要是涉及技术秘密，大成华智公司及青岛公用设计院对本院的管辖权提出了级别管辖的异议，认为本院无权审理涉及技术秘密的侵犯商业秘密纠纷，本案应当移送北京知识产权法院审理，本院就此向北京知识产权法院呈报请示，该院以本案系该院成立之前已经受理的案件为由指定本院继续审理，后大成华智公司及青岛公用设计院撤回了管辖异议申请。
上述事实，有当事人陈述、开庭笔录、企业法人营业执照、名称变更通知书、著作权登记证书、劳动合同、计算机等电子类设备使用管理办法、公司信息安全管理制度、技术开发合同、交接清单、(2016)京0102刑初549号刑事判决书、(2015)西刑初字第449号刑事判决书等在案佐证。