被告辩称：不同意原告的诉讼请求，实际上被告于2012年9月20日取得了11-X号房屋所在楼栋的权属证明，2016年11月16日将11-X号房屋所有权证办理至原告名下，根据双方签订的《北京市商品房预售合同》关于这两个事项的约定，原告的起诉已经超过了诉讼时效。原告并未按照合同约定向被告交纳代收的契税、专项维修资金，根据双方约定，被告不承担相应的逾期办证违约责任；2014年8月19日，双方签订了《补充协议》，应从该日起计算1080天的办理产权移转登记时间，故被告并未逾期。退一步讲，即使认定被告存在逾期办证，起算点应为房屋实际交付的日期起（2012年1月20日）计算1080天，即2015年1月4日。逾期办证没有给原告造成任何实际损失，合同约定两项违约金的计算标准均过高，即使法院认定被告违约，违约金也应予以酌减。违约金本身即具有赔偿性质，不应再计算违约金的利息。
当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。
根据当事人陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：2009年6月22日，原告与被告签订编号为X的《北京市商品房预售合同》，约定：原告向被告购买11-X号房屋，房屋总价款1950万元；被告应当在2012年8月31日前取得11-X号房屋所在楼栋的权属证明，逾期则自应当取得期限届满之次日起至实际取得权属证明之日止，按日向原告支付全部已付款万分之一的违约金，并于实际取得之日起45日内支付；被告应在2010年8月31日向原告交付房屋；如因被告的责任，原告未能在房屋交付之日起1080天内取得房屋所有权证书的，被告应当按日向原告支付全部已付款万分之一的违约金，并于原告实际取得房屋所有权证之日起30日内向原告支付；如因原告的责任造成未能在房屋交付之日起1080日内取得房屋所有权证书的，由原告承担责任。双方在合同中还对履行过程中的其他事项进行了约定。
2009年6月22日，原、被告签订《北京市商品房预售合同》之补充协议，约定：原告需在被告书面通知中规定的期限内，将办理商品房初始登记和转移登记手续所需资料和税费、专项维修资金（公共维修基金）交至被告代收，如逾期提交，导致被告办理该商品房初始登记和转移登记事件超出《北京市商品房预售合同》第二十一条约定的，则被告不承担相应的违约责任；原告需在办理房屋交接手续的同时一次性将契税、专项维修资金（公共维修基金）交至被告代收，否则被告有权拒绝交付该商品房。
2014年8月19日，原、被告签订《补充协议》，约定：鉴于《北京市商品房预售合同》中约定11-X号房屋交付时间为2010年8月31日，被告逾期交房507天，产生违约金988650元，同时原告逾期付款产生违约金20950元，被告应支付原告违约金差额为967700元；被告同意在应付违约金差额中折抵该房屋公共维修基金46942元、契税585000元、杂费1500元；经折抵，最终被告于2014年9月20日前一次性支付违约金为334258元。
合同签订后，原告向被告支付了购房款1950万元。2012年1月20日，被告向原告交付了11-X号房屋。2012年9月20日，被告取得11-X号房屋所在楼栋的产权证明。2016年11月16日，11-X号房屋所有权登记在原告名下。11-X号房屋所在楼栋现登记坐落为：朝阳区周庄山水文园216号楼，11-X号房屋现登记坐落为：朝阳区周庄山水文园216号楼-2至3层X。
庭审中，原告提交银行缴款单若干，欲证明因被告逾期办理房屋产权手续，导致原告无法提交偿还银行贷款，造成了相应的利息损失；被告对此不予认可。