本院认为：
一、关于互联网中心与新网公司之间是否符合反垄断法第十三条第一款第（五）项、第（六）项所指情形
根据反垄断法第十三条第一款规定，禁止具有竞争关系的经营者达成下列垄断协议：……（五）联合抵制交易；（六）国务院反垄断执法机构认定的其他垄断协议。本条第一款关于“具有竞争关系的经营者”的理解，是指在生产或者销售过程中处于相同市场地位的经营者，例如生产者之间、零售商之间或者批发商之间，由于他们在市场上处于相同的地位，通常情况下互相之间存在客观上的竞争关系。因此，反垄断法第十三条所禁止的此类在具有竞争关系的经营者之间达成的垄断协议也被称为横向垄断协议，故被控经营者之间是否系具有竞争关系的经营者是该条款得以适用的必要前提条件。
具体到本案中，互联网中心系经授权的域名注册管理机构，其职责为管理中国国家顶级域名“.cn”及中文域名。而新网公司系根据《互联网域名管理办法》申请设立的域名注册服务机构，其主要从事面向社会公众提供互联网域名的注册服务。因此，互联网中心与新网公司在互联网域名注册领域中担负不同职责且处于不同地位，相互之间明显不具有任何竞争关系，进而不符合反垄断法第十三条关于构成横向垄断协议的主体要件。同时，原告提供的证据既不足以证明互联网中心与新网公司之间存在针对其注册域名进行联合抵制交易的相关协议，亦未举证国务院反垄断执法机构认定过其他何种垄断协议。综上，原告关于互联网中心与新网公司违反反垄断法第十三条第一款第（五）项、第（六）项之主张，本院不予支持。
二、关于互联网中心是否滥用市场支配地位，存在违反反垄断法第十七条第一款第（三）项、第（六）项规定之情形。
反垄断法第十七条第一款规定，禁止具有市场支配地位的经营者，从事以下行为：……（三）没有正当理由，拒绝与交易相对人进行交易；……（六）没有正当理由，对条件相同的交易相对人在交易价格等交易条件上实行差别待遇。
本案中，原告主张互联网中心的涉案行为构成上述法律规定的滥用市场支配地位行为。互联网中心作为市场经营者是否实施了原告所控滥用市场支配地位行为，需在界定本案相关市场的基础上，对其是否具有市场支配地位以及是否存在滥用行为等三个方面进行分析。
首先，关于本案相关市场的界定。
根据反垄断法第十二条的规定，相关市场是指经营者在一定时期内就特定商品或者服务进行竞争的商品范围和地域范围。参照《国务院反垄断委员会关于相关市场界定的指南》第三条，主要需界定相关商品或服务市场和相关地域市场。相关商品或服务市场的界定一般首先从反垄断审查关注的经营者提供的商品或服务（目标商品或服务）开始考虑，进而考察最有可能具有紧密替代性关系的其他商品或服务。如果具有较高的替代性，则将后者与前者纳入同一个相关商品或服务市场，并继续扩大分析范围，直至被考察对象之间不存在这种具有较高替代性关系为止，以此作为案件的最终相关商品或服务市场。
《最高人民法院关于审理因垄断行为引发的民事纠纷案件应用法律若干问题的规定》第八条规定，被诉垄断行为属于反垄断法第十七条第一款规定的滥用市场支配地位的，原告应当对被告在相关市场内具有支配地位和其滥用市场支配地位承担举证责任。然而在本案中，原告虽主张本案相关市场为“.cn”域名注册服务市场，但其并未就“.cn”域名注册服务与其他域名注册服务之间的替代关系等以及地域市场范围等进行举证，故其应当承担举证不能的不利后果。据此，仅依据现有证据无法认定“.cn”域名注册服务市场是本案的相关市场。
其次，关于互联网中心是否具有本案相关市场支配地位。
判断市场经营者在相关市场中是否具有支配地位，应根据反垄断法第十八条的规定，结合经营者的市场份额、相关市场竞争状况、经营者控制市场上下游的能力、其他经营者的依赖程度及其他经营者参与相关市场的难易程度等因素进行综合考虑。本案中，原告并未举证界定相关市场，其亦未举证证明互联网中心在其主张的相关市场中具有市场支配地位。
再次，关于互联网中心是否滥用市场支配地位。
反垄断法并不禁止经营者具有市场支配地位，而是禁止经营者滥用市场支配地位，从事排除、限制竞争的行为。市场经营者有自主选择其交易方的权利，一般情况下，经营者拒绝与终端消费者交易的行为，并不当然构成垄断，即使是具有市场支配地位的经营者。只有在同等条件下，具有市场支配地位的经营者拒绝和部分经营者交易，导致限制了部分经营者参与竞争，具有排除或限制竞争效果的情况下，才属于违反反垄断法第十七条第一款第（三）项、第（六）项规定的情形。
原告在本案中主张互联网中心拒绝原告注册涉案域名等一系列行为构成拒绝交易、施行差别待遇的垄断行为，然而，原告作为域名注册人，并未举证证明该拒绝原告注册涉案域名的行为对何种市场产生了何种排除或限制竞争的效果，故在案证据无法证明原告主张互联网中心的涉案行为属于反垄断法第十七条第一款第（三）项、第（六）项规定之情形。
三、关于原告对工信部、颐高公司、三五公司的起诉是否适格
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条第二项的规定，有明确的被告是起诉必须符合的条件。“明确的被告”包括两个层面的内容：一是形式上可识别，即有具体的被告的身份和住所情况；二是实质上适格，即被告与诉争法律关系之间存在实质联系。
本案中，颐高公司、三五公司虽系明确的、现实存在的法人或自然人，符合形式上可识别的要求，但上述被告与诉争法律关系之间是否存在实质联系，是判定上述被告是否为“明确的被告”的关键。事实上，原告虽将颐高公司、三五公司列为本案被告，但并未说明或举证证明上述被告与垄断纠纷这一诉争法律关系存在何种实质关联。原告主张工信部向人民法院作出违法答复均应承担民事责任，但上述主张均与垄断纠纷这一诉争法律关系无关。因此，工信部、颐高公司、三五公司并非本案适格被告，原告对上述被告的起诉应当予以驳回。
此外，原告关于互联网中心违反合同法第五十二条的主张属于民事合同纠纷的相关范畴，不属于本案所涉垄断纠纷案由的审理范围，本院不予处理。
综上所述，原告提交的在案证据不足以证明被告实施了被诉垄断行为，原告的诉讼请求和主张缺乏事实与法律依据，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六十六条、第七十三条的规定，本院判决如下：